mNGS 次世代基因定序如何改變感染症診斷？從「猜病原」走向精準治療的新工具
在感染症治療上，時間就是生命。然而，許多病患與家屬常會遇到一個困境：「明明知道有感染，但為什麼醫生還沒辦法確定是什麼病菌？不能馬上用最有效的藥嗎？」
事實上，這正是傳統醫療長久以來的痛點。當無法確定病原體時，醫師就像在迷霧中打仗，醫師知道病人可能有感染，但卻無法立即確認是哪一種細菌、黴菌或病毒造成的，所以無法精準用藥，只能憑經驗使用廣效性抗生素治療。
為了打破這個困境，義大醫院感染科主任推動先進的診斷工具 mNGS（總體基因組次世代定序），為南臺灣的感染症患者帶來更精準的治療曙光。
傳統感染檢測的三大瓶頸：時間、條件與抗生素干擾
目前醫院常見的檢測方式，包括微生物培養、抗原及抗體檢測與特定病原體分子檢測。賴重旭主任指出，這些方法非常重要，但在面對重症或疑難雜症時，常會遇到 3 個瓶頸：
1. 病菌培養及檢測時間長，與治療黃金期賽跑
傳統培養最考驗的就是時間。一般細菌培養需要數天，若是黴菌、結核菌或其他特殊病菌，可能需要數週才能確認。部分病菌的抗原及抗體檢測也需數天的時間，甚至在台灣也沒有相關的檢測試劑。對於敗血症、嚴重肺炎或免疫力低下的病人來說，病情可能在幾小時內急速惡化。在報告出來前，醫師只能憑經驗給藥，一旦方向錯誤，可能導致器官受損甚至危及生命。
2. 部分病原體難以培養導致檢測不到致病菌
不是所有病菌都能透過一般培養方式檢測出來。有些病原體需要非常特殊的培養條件、高成本的設備，甚至是一般醫院微生物檢驗室無法常規建立的「微生物培養」技術。
例如肺炎黴漿菌沒有細胞壁，需要特殊培養條件，不易以傳統方式培養；退伍軍人菌需要特殊的培養基，常規培養不易檢出。
一旦病原無法透過培養檢出，醫師可能難以及時掌握感染原因，進而影響後續治療方向。
3. 先使用抗生素治療的干擾陷阱
病人在採檢送驗前，可能已經接受過抗生素治療。抗生素會抑制病菌活性或殺死活菌，導致送驗時結果呈陰性或培養不出來。但這不代表病人體內沒有感染，主要是受到菌量較低的原因導致，成為現今檢驗和臨床診斷的盲點。
釣竿 vs. 撒網：mNGS 如何全面找出可能病原？
mNGS 是一種新的檢測技術，利用次世代定序的技術讀取病原體的基因片段，因此無論病原體是否存活，只要在檢體內留有基因片段，mNGS 就有機會能夠找到，再利用大數據分析，釐清是什麼病原體。
賴重旭醫師指出，如果把尋找致病菌比喻成「抓魚」，就能了解傳統檢測與 mNGS 的本質差異：
傳統檢測就像拿釣竿釣魚
醫師必須先憑經驗猜測，懷疑池子裡有 A 魚，所以準備了 A 魚愛吃的特定魚餌（特定檢驗單）拋下去。如果沒釣到，可能是池子裡沒有 A 魚，但也可能是魚餌不對（有其他魚種）、或者是池子內沒有魚。為了確認，醫師可能得不斷更換魚餌、開立不同的檢測，不僅耗時，對病人的身體也是負擔。
mNGS 像大面積撒網
mNGS 不需要預先猜測池子裡有什麼魚，而是直接把網撒下去，將把池子裡的魚（細菌、病毒、真菌、寄生蟲）一次全部撈起來，再透過高通量定序與大數據分析，評估當中有哪些是可能的致病菌。
不過賴重旭醫師指出，雖然 mNGS 檢測功能強大，但並不代表傳統培養失去價值，而是可以互補：
在棘手案例中，醫師可能會先利用 mNGS 廣泛搜尋，鎖定可疑病原體後，再針對該病原體進行針對性的培養或檢測確認。
哪些患者是 mNGS 的受益者？醫師指出 3 大適用情境
mNGS 是較新的自費診斷工具，費用相對較高，因此臨床上感染科醫師會把 mNGS 精準定位在以下 3 大特定情境：
1. 嚴重感染、需要搶救黃金時間的重症患者
例如敗血症、嚴重肺炎、進展極快的不明原因發燒。賴重旭醫師指出，如果病人在入院或治療 2～3 天內無法找出病因並精準用藥，很容易出現嚴重併發症。此時使用 mNGS，能幫醫師在最快時間內修正治療方針。
賴重旭醫師分享，一位肺炎引發嚴重呼吸衰竭的患者，懷疑是退伍軍人菌感染，但傳統的尿液驗退伍軍人菌抗原檢測結果為「陰性」，但透過 mNGS 檢測患者的痰液，偵測出退伍軍人菌的基因殘留。醫師隨即調整用藥，患者病情迅速獲得改善。
2. 免疫力低下的高風險族群
器官移植、有血液疾病或使用免疫抑制劑，這些病人免疫功能差，容易遭到一般人不常見的機會性感染或特殊病原體侵襲，而且他們的身體沒有等待數週培養報告的時間本錢，mNGS 能為他們爭取一線生機。
3. 長期治療無效、反覆發作的疑難雜症
許多病患在臨床上換了多種強效抗生素，病情依舊反覆，這不是藥不夠強，而是沒有對症下藥。
賴重旭指出，過去曾有病患手指紅腫，一年來歷經多次手術、換過多輪抗生素和抗黴菌藥物依然無法癒合，傳統培養都沒發現常見的細菌。後來用 mNGS 檢測，證實是罕見的「膿瘍分枝桿菌」感染，精準用藥後，傷口在 3 個月內就痊癒了。
義大醫院導入 mNGS 為南臺灣提供更精準的醫療服務
過去，許多新興的高階醫療技術大多集中在北部醫學中心，南臺灣患者有時必須往返北部醫學中心接受檢查。然而，感染症其實具有高度的地域性。
賴重旭醫師指出，高溫潮濕的環境會有獨特的在地挑戰，例如登革熱、特殊環境引發的類鼻疽病菌的感染，或是國際移入的特殊病菌感染。這些病菌往往不是一般常規培養能驗出來的。
義大醫院引進 mNGS 技術，對南臺灣醫療環境帶來重大改變：
- 縮短黃金診斷時間：讓南部患者在家鄉就能接受最頂尖的基因定序檢測，免去可能需往返奔波的交通與時間成本。
- 節省整體醫療資源：雖然單次檢測費用較高，但提早確診能避免後續僅憑臨床經驗使用昂貴或廣效抗生素、開立多樣的病菌檢測工具，縮短住院天數，降低健保支出，也減少病人治療期間的身體負擔。
- 降低抗藥性與濫用：一旦檢測出非感染源，例如自體免疫疾病或癌症引起的類似感染的症狀，醫師能及早停用抗生素，避免不必要的藥物副作用與抗藥性問題。
賴重旭醫師分享，過去基因檢測多為商業模式，病人自行聯繫生技公司、報告直接給病人，再由病人給醫師解讀。
但依據衛福部《特管法》規範，高風險的基因檢測必須回歸醫療主體，所以義大醫院整合了生技公司、院內行政、檢驗科與臨床醫師，將「開單、檢體收集、檢體外送、報告產出、病歷紀錄到醫師認證與解說」完整拉回醫院內部，建構合乎國內法規、保障病患權益，並能符合相關醫療紀錄與申報需求的嚴謹制度。
感染症從經驗治療走向精準解碼的未來
過去的感染症治療，高度依賴醫師的臨床經驗與嘗試；而 mNGS 的檢測技術，正引領醫界邁向感染症精準醫療的全新時代。
mNGS 不是要取代現有的傳統檢測，而是在關鍵時刻，為臨床醫師提供更多有用的資訊。「當我們能越早看清森林裡的敵人是誰，就越能選擇最精準的武器，讓每一次的治療都不再是猜測，而是真正做到精確治療、對症下藥，」賴重旭醫師說。
文／陳思遠 圖／楊紹楚、何宜庭
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