390棵老可可樹藏著育種寶庫！祕魯發現4個新遺傳譜系　為抗病、耐候育種提供新種原

撰文＝編輯部

近年全球可可產業接連受到極端降雨、乾旱、病害與產區氣候異常衝擊，可可價格也隨供應緊張大幅波動。在全球可可生產面臨病害與氣候壓力之際，商業種植的遺傳多樣性也成為產業韌性的重要課題。當大面積農地種植遺傳背景相近的可可樹，一旦遭遇特定病害或氣候壓力，可能使供應風險更加集中。

2026年7月6日刊登於《PLOS One》的研究，將目光轉向祕魯原住民族與小農的可可園，分析390棵農場內原生的傳統可可樹，辨識出4個新的遺傳譜系，為可可育種、種原保存與精品巧克力開發提供新的候選材料。

可可品種愈單一　產業面對病害與氣候的風險愈集中

遺傳多樣性就像農作物面對未知風險時的工具箱。不同可可樹可能分別帶有抗病、耐旱、耐熱、高產或特殊風味等性狀，育種人員可從中挑選需要的特徵，再透過雜交與選育建立更適合未來環境的品種。

相反地，若產業長期追求高產量、外觀一致與管理方便，只保留少數商業品種，雖然短期能提高生產效率，卻也可能讓整個供應鏈共享相同弱點。當病原菌、乾旱或高溫來襲時，品種之間若缺乏足夠差異，便難以找到能夠撐過危機的材料。因此，重新盤點可可原生地區仍保存哪些遺傳資源，已成為提升巧克力供應韌性的基礎工作。

祕魯本身也是全球重要的可可生產與遺傳資源所在地。研究指出，祕魯為全球第8大可可生產國、第10大可可豆出口國及第2大有機可可生產國。截至2024年，當地可可產量達156,625公噸，產業支撐83,294個農戶家庭。因此，保存當地可可遺傳資源，也與產業發展及農民生計密切相關。

分析390棵約50年可可樹　辨識4個新遺傳譜系

研究團隊鎖定祕魯Amazonas、Ayacucho、Cajamarca、Cusco、Madre de Dios、Piura、San Martín及Ucayali等8個行政區，採集390棵農場內原生可可樹的葉片樣本。研究依據當地農民的傳統知識，選取樹齡約50年的可可樹，這些材料主要代表未經現代育種改良的傳統譜系，可視為野生與半野生的初級種原。

研究團隊利用192個單核苷酸多型性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）標記進行DNA指紋分析，並透過親緣、群體分化及祖源分析，比較這批材料與過去建立的10個主要可可遺傳族群。結果發現，原有分類仍不足以完整描述祕魯的可可遺傳多樣性，更進一步辨識並命名4個新的遺傳譜系：Chuncho 1、Chuncho 2、Awajun與Porcelana。

這4個譜系並非偶然變異的少數個體，而是具有明顯遺傳結構與地理分布的群體，合計包含313個樣本，占全部390個樣本的80.3％。

這項發現擴大了可供育種利用的可可遺傳資源。未來研究人員可進一步評估這些種原是否具有抗病、耐旱、耐熱、產量或其他重要農藝性狀，作為新品種選育的候選材料。目前研究主要確認其遺傳差異，尚未證明4個新譜系本身具有上述特性。

Awajun與Porcelana接近Nacional　精品可可潛力待驗證

除了育種利用價值，4個新譜系也可能為精品巧克力帶來新的風味材料。

研究顯示，Awajun與Porcelana在親緣與祖源分析上，皆與Nacional可可遺傳族群具有較密切關係。Nacional長期受到精品可可市場重視，因此研究認為，Awajun與Porcelana具有進一步評估豆品質與精品可可商業潛力的價值。

研究人員Danilo E. Bustamante表示，之後將進一步評估其品質與感官特性，並重新檢視祕魯現有種原庫中的材料，確認其中是否已有可可樹實際屬於這次新辨識的族群。

不過，這項研究的核心是可可遺傳結構分析，並未直接測試4個新譜系的可可豆風味與感官品質。因此，Awajun與Porcelana是否能穩定呈現精品可可所需的品質與風味特徵，仍須後續分析與感官評估才能確認。

CCN51的血統之謎　研究提出45％Awajun祖源新解釋

這次研究也重新解讀了拉丁美洲廣泛種植的高產抗病商業品種CCN51之祖源。由於產量高、抗病能力較佳，已成為許多農民的重要經濟品種。不過，其親本來源與遺傳組成長期仍有部分未解之處。

研究團隊進行不同祖源模型分析後發現，CCN51的遺傳組成會隨納入的參考族群而出現不同結果。在研究最後採用的一項祖源解釋中，CCN51被估計約含45％Awajun、25％Iquitos、15％Amelonado及13％Criollo祖源。

研究同時得到其他可能的祖源模型，包括約27％Amelonado、28％Criollo與43％Iquitos，以及另一個高度集中於Awajun的模型。因此，45％Awajun並不能直接視為CCN51已確定的血統比例。這項結果顯示，將新發現的Awajun譜系納入分析後，可能為CCN51長期未完全釐清的祖源提供新的解釋，也反映可可仍有遺傳資源尚未被完整辨識。

祖源比例會受到參考族群、樣本組成與統計模型影響，因此這項結果較適合視為對CCN51血統的新解釋，而不是已經定案的唯一答案。

研究提出CCN51祖源的新解釋，其中一項模型估計其可能帶有約45％Awajun祖源，但比例會隨參考族群與分析模型而異。（圖片來源：To'ak Chocolate）

巧克力產業需要的韌性　可能早已生長在農民後院

4個新可可譜系不會立刻平息可可價格，也無法在短時間內填補全球供應缺口。

從辨識、性狀評估、雜交選育到建立可穩定生產的新品種，仍需要後續研究與田間試驗。研究團隊也指出，這次發現可作為改善祕魯可可種原庫收藏的重要依據，讓散布於農民田間的遺傳資源進一步獲得辨識與保存。

這項研究真正推進的，是重新描繪祕魯可可的遺傳多樣性。過去建立的10個主要遺傳族群，仍不足以完整涵蓋當地農民長期保存的可可種原。在可可產業面臨病害與氣候變化壓力之際，保存與利用這些遺傳多樣性，可能成為提升未來供應韌性的重要基礎。

未來巧克力產業需要的韌性，未必只能仰賴實驗室重新創造。部分答案可能早已在亞馬遜小農的土地上生長數十年，等待被辨識、保存，再透過育種與品質評估，確認哪些材料真正具有產業利用價值。

審稿編輯：林玉婷

參考資料
▶Food Navigator, Four new cacao types just handed chocolate a lifeline
▶EurekAlert!, Four new groups of indigenous cacao varieties discovered in Peru
▶PLOS One：Genetic structure of traditional cacao reveals four new genetic lineages in indigenous Amazonian sites in Peru