日菲啟動專屬經濟區海域談判 外交部：已確認不影響我國主權
日本與菲律賓於5月28日峰會後的聯合聲明指出，將在遵守相關國際法及《聯合國海洋法公約》前提下，啟動專屬經濟區（EEZ）及大陸礁層海洋邊界談判。外界質疑將有損我國主權，對此外交部重申，已向兩國政府確認，相關談判過程與結果都不會影響我國依國際法及海洋法所享有的主權。
日本與菲律賓於5月28日峰會後發布的聯合聲明指出，兩國決定在遵守相關國際法及《聯合國海洋法公約》前提下，啟動EEZ及大陸礁層海洋邊界談判。外交部曾於5月31日肯定日菲的作為，透過和平對話、遵循國際法規範以解決海事問題，與我國一貫立場一致。
外交部當時表示，我國始終秉持以「擱置爭議、和平開發」精神處理海事爭議。我國願在與菲律賓和日本分別已簽署漁業相關協定的基礎上，進一步針對共享海洋資源、共同維護印太地區海事安全，以及促進海洋生態的永續發展進行探討。
不過，立法院國民黨團指出日菲與談判的台灣東部海域與中華民國依法主張的200浬專屬經濟海域有大範圍重疊，但談判桌上卻沒有中華民國，並質疑賴政府放棄專屬經濟海域、喪權辱國，外交部竟然未對外抗議。
對此，外交部表示，已指示我國駐日本代表處及駐菲律賓代表處分別向兩國政府確認，日菲兩造未來相關協議談判過程及結果均不會影響我國依國際法及海洋法所享有之主權權利，也不影響我國與日本簽署之「台日漁業協議」及與菲律賓簽署之「台菲漁業執法合作協定」等既有機制之執行。
外交部強調，我方已再次向日菲兩國明確重申，中華民國台灣對領土及相關海域主權，以及依國際法與海洋法享有的主權權利不容質疑；鑒於日菲擬談判劃界的區域與我國東部外海專屬經濟海域高度重疊，我方再度呼籲日菲必須充分考量我方權益，並就相關議題與我方進行協商。
另外，中國外交部發言人毛寧昨（6/2）日批評，海峽兩岸同屬一個中國，維護國家領土主權和海洋權益是兩岸全體中國人的共同責任。民進黨當局為了謀求政治私利，不惜出賣中華民族的整體利益，數典忘祖、毫無底線。
外交部對此駁斥，中華民國台灣與中華人民共和國互不隸屬，我方對日菲專屬經濟海域劃界談判的政策與立場，中國無權置喙，更無權代替台灣發言；外交部將持續密切關注相關發展，並與日本及菲律賓保持溝通，確保我國海洋權益及漁民作業權益獲得充分保障。
外交部強調，我國一向堅定維護國家領土主權與海洋權益，駁斥中國藉本案惡意操弄「一中原則」混淆國際視聽，企圖在國際社會營造對台擁有主權及對我國相關海域具管轄權之錯誤印象，更不允許中國妄圖透過所謂海巡執法及軍力投射等行為破壞區域和平穩定。