立法院5月30日表決通過《會計法》第99條之1修正條文，將國務機要費除罪化，不再追究刑民事責任，最直接的影響是高院7月中將宣判的國務機要費案，前總統陳水扁及妻吳淑珍、扁幕僚馬永成、林德訓與前出納陳鎮慧均將獲免訴，除扁、珍仍需面對停審的二次金改貪汙及洗錢等5大官司，若重啟審判，仍未定讞的5案中，二次金改收4億元部分，最有可能被判無期徒刑，也是最讓扁擔心的案件。
知情人士說，國務機要費除罪並非是要替扁脫罪，因為扁家海內外資金逾20億元，大部分都來自企業財團，扁家收受這些巨款視為合情合理，不只社會大眾無法接受，支持者也難以聲援，但扁保外就醫後到處趴趴走，一再挑戰司法底線，還開記者會喊冤，完全不像是因失智、帕金森氏症、尿失禁及有生命危險無法服刑與出庭的病人，不只重重打臉司法，也拖累國務機要費案的馬永成、林德訓及陳鎮慧。
本刊調查，立法院2011年通過《會計法》修正案，要將性質與國務機要費類似的首長特別費除罪，當時民進黨希望國務機要費一併除罪，但國民黨在立委席次優勢下，最後只通過首長特別費除罪，上百名首長因此獲益，不再被查辦特別費案，今年則由民進黨以席次優勢，通過國務機要費除罪。
不過，扁因龍潭等案遭判合併執行20年確定，已達有期徒刑合併執行法定上限，其餘案件除非遭判無期，否則不論判多久，刑期一樣都是20年，因此，不論國務機要費是否除罪，對他都不致造成影響，也不會改變其他案件的命運，但其中二次金改案，還有收賄4億元部分未定獻，這部分很有可能被判無期徒刑，屆時扁的刑期就會變為合併成無期徒刑。
對於官司的困境，扁當然清楚，所以在龍潭等案陸續定讞開始服刑後，即動作不斷，痛批國民黨政治追殺，並說自己被關到一身病，直到馬英九卸任總統前1年，才准他保外就醫，其餘未定讞的二次金改等案也隨之停審，扁案燙手山芋就這樣一直留到蔡英文第二任總統任期。
知情人士指出，扁案1日不解決，就很難說服民眾司法改革是玩真的，尤其面對扁保外就醫，卻出席募款餐會等公開活動，甚至主持廣播節目，就是不能出庭也不能被關，蔡政府不只一次請相關單位研議扁案解套的可能性，特赦、讓扁再回籠都是選項。
如今，在解決國務機要費問題後，扁將面對的可能是重審，因為只有全部9大案都判決確定才可能特赦，但這也代表扁有可能得先入監服刑，要如何解決扁案的司法難題，考驗著蔡政府的智慧。
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