政府推動能源轉型，包含離岸風場、海底電纜及天然氣接收站開發，海域開發行為越來越多，與漁業衝突也日益激烈。此時另有《海洋保育法》即將上路，劃設保育區也將與漁業活動產生競合。
過往漁會或合作社在沿岸可申請「專用漁業權」，具有準物權地位，當海域有其他開發需求時，可以此作為法律談判協調的基礎。然而漁會反應，近年申請換發專用漁業權備受刁難，漁業署更預告，未來請領沿海專業漁業權時需附上專業計畫書，並配合主動限縮漁業權範圍，以避開其他海域開發行為。
此舉被漁會質疑，漁業署藉由審查程序限縮漁業權，將海域讓位給其他開發所需，點燃漁會不滿情緒。漁業署預計在 4 月 8 日召開會議，進一步說明「專用漁業權執照審查核發作業要點修正草案」，聽取各區漁會意見。新制度上路前，各區漁會議論紛紛，對新制已產生不信任感，本案牽連全國 39 家漁會，一場漁會與漁業署之間的茶壺風暴正在醞釀。
沿岸專用漁業權依法多由漁業取得，成為海域開發行為的補償依據
所謂的專用漁業權，指的是在沿岸 3 海浬或水深 25 公尺的水域，可由漁會或漁業合作社申請專屬權利，供作採捕水產動物或養殖漁業。由於專用漁業權具排他性，依照《漁業法》 29 條，當有其他海域開發需求時，政府如要撤銷或變更專用漁業權，必須依法給予補償。
過去專用漁業權限定由地區漁會或漁業合作社申請取得，依法十年換證一次，但近年部分漁會申請換照時卻未如往例核發。桃園區及中壢區漁會率先發難，對媒體公開表示，申請換發漁業權遭漁業署給「軟釘子」。
漁會主張，因為專用漁業權具有準物權地位，現在有許多地區碰到天然氣接收站工程或離岸風電開發、海底纜線通過，若無專用漁業權保障，將失去主張法定權利的資格，在協調與談判中即將落於下風。
中壢區漁會：落實管理經營立意甚好，但漁業署應進場協助
《上下游》向中壢區漁會總幹事黃德汶求證，他表示中壢區漁會五、六年前專用漁業權到期，向漁業署申請換照，卻無故遭到漁業署延宕，至今都沒有核發或解釋。
直到漁業署近期召開會議簡介新制，要漁會提出事業計劃書，還要限縮範圍並提出管理經營作為，且要漁會接受考核，如果兩年一到考核未過，可能面對專用漁業權撤銷。他認為新作法立意很好，但對漁會而言，要短時間內立刻改變，實務上有困難。
對漁會而言，要提出經營計畫書等於是要漁會出錢找學者來撰寫， 二則要漁會作漁業經營管理工作，他認為現在的人力與技術都有困難，而且漁民世代在海域捕魚，要漁會去約束或管理漁民怎麼抓魚並不容易。
黃德汶認為，法律如何規定他並不清楚，但漁業署應站在輔導立場提出協助作法，而非僅壁上觀，扮演審查、考核的角色。
基隆漁會：新制應有落日條款，而非聽任高層及綠能政策擺布
東北角海域是國內最重要漁場，但同時基隆港外也有第四天然氣接收站開發案，2020 年還發生北方三島風場開發爭議，引發北海岸、東北部漁會群起反對，現在漁業署針對專用漁業權換照提出新作法，基隆漁會總幹事陳文欽十分關切，更直言，「政府要向海致敬，海洋雖然是大家的，也要尊重先來後到」。
他表示現在不只是兩家漁會換照被拖延的問題，而涉及到全國 39 家漁會，政府應提出一定時程作為落日條款，讓漁會適應，而不是一刀斬斷。現在漁業尚未制定配套措施，就要漁會限縮漁民作業漁具與作業範圍，是在製造漁會跟漁民矛盾，他批評道：「這是在凹漁民，為財團來打壓這些沒有話語權的弱勢者。」
他說，漁民是原來的海域使用者，遇到國家政策對整體漁業有影響，無論是能源政策或海洋保育新法也好，應該用更好的溝通方式。但漁業署作法如此粗暴，令人聯想是藉由限縮漁業權來為離岸風電開路，漁業署若無行政院或經濟部指示，不會甘犯眾怒。
苗栗南龍漁會：大勢所趨，漁會不得不面對變革
苗栗是離岸風電開發熱區，竹南外海日前更爆發風場電纜廊道穿越定置漁場而引發漁民反彈。南龍區漁會總幹事顏德坤認為，海域使用變多，除了風場跟電纜，還有《海保法》即將上路，海域要捕魚也要保育，限縮漁業權應該是大勢所趨。
他透露，南龍漁會的專用漁業權四、五年前也到期，漁會方面提出展延，中央則說要訂辦法，要漁會依自身條件，針對養殖、資源保育或「資源創造型」（指以特定海域放流定棲魚介貝類形成漁場、提供捕捉），都要提出相對應的管理經營計畫，而且不能與能源建設衝突，遇到相關設施都要排除漁業權範圍，對漁會而言是相當困擾，但也是不得不面對的變革。
漁業署：為求權責相符、循序漸進推行新制，盼漁會正面溝通
面對漁會反彈，漁業署沿近海漁業組組長劉福昇先言明，專用漁業權跟漁民捕撈作業是兩件事情，漁會沒有專用漁業權，漁民仍可捕撈養殖，兩者毫不影響。他也解釋，《漁業法施行細則》第 18 條早已規定漁會申請漁業權，須檢附經營管理計畫書、會員決議及〈入漁規章〉（捕魚作業相關規範），現在是逐步落實，並非倉促改變作法。
劉福昇指出，漁會申請專用漁業權確實是經過檢討後做出調整。過往漁會取得專用漁業權後，「僅依靠天然資源，並未投入漁場經營管理作為」，已面對多方質疑。他解釋，漁會沒有投入改良或經營管理，但碰到海域開發行為，卻可援引《漁業法》第 29 條要求補償，這種作法已經面對許多挑戰。
對漁會反映不會寫計畫書、也沒有管理人力與技術，劉福昇認為，草案當中的〈指引〉可引導各漁會撰寫計畫書。至於管理的人力與成本，他認為漁會可逐步形成，例如彰化漁會在沿岸養殖部分專用漁業權，就是一步步建立管理制度，並非不可能。
面對有人質疑漁業署的作法是為了解決風電開發及天然氣接受站開發爭議，劉福昇強調，絕非針對能源政策或風電開發，現行離岸風場建設多在沿海三海浬以外，也無高層指導或能源業者要求，本次調整完全基於「漁業經營考量」。他強調，改變作法過程皆邀集漁會討論、公開徵詢意見，漁會未透過會議反映意見，卻另行對媒體放話，他並不認同作法。
學者：未來海域空間使用漸多，漁會積極經營管理才有談判籌碼
海洋大學特聘教授兼海洋科學與資源學院院長廖正信認為，面對海洋資源枯竭，政府希望各漁會落實自主管理，但往往連漁獲量都無法準確回報，漁船回港卸魚申報也做不到，漁會爭取「專用漁業權」應先面對自身管理責任。《海洋保育法》即將上路，還有海域空間規劃議題，漁業勢必面對劃設保育區或其他空間使用挑戰。
廖正信以國際海洋法習慣舉例，要主張權利就必須舉證經營海域管理之事實。未來沿近海域確實有風電、纜線與天然氣三接、四接開發爭議存在，因此漁業署這麼做也是在保障各漁會，對未來預做準備。海域使用越來越複雜，若漁會不積極管理，憑恃專用漁業權坐等補償，落人口實也無法獲得社會同情。
廖正信認為，最好的方式就是中央政府制定原則方向，地方漁會因地制宜、積極管理。漁會如果認為缺乏管理負擔的技術、成本與能量，他反問：「那麼要這個專用漁業權又有何意義？」
他並提到，東港漁會對櫻花蝦漁業的管理就是一個值得肯定的案例，為了保護資源永續與價格，漁會主動成立櫻花蝦產銷班積極管理，不配合者就沒有捕撈權，過程中經歷漁民與業者反彈，東港櫻花蝦證明，積極管理並非不可行。
漁權團體：漁業署與漁會各有盤算，無助真正漁民權益
環境權保障基金會漁民權益及環境永續中心研究員吳斐竣認為，漁業署新作法與各地漁會的反彈，看似各有道理，但真正的問題在於漁業法制的缺漏，以及漁會與實際從事漁撈漁民的脫節。
就法律面而言，漁業署固然可以主張其具有行政裁量權，並已制定〈專用漁業權執照審查核發作業要點〉，但《漁業法》第 17 條要求主管機關每年定期公告之「漁業權漁業整體規劃」，漁業署自己就做不到。
除了缺乏上位的「漁業權漁業整體規劃」，依據〈專用漁業權執照審查核發作業要點〉組成的專用漁業權審查工作小組，竟然交由經濟部能源署、產發署、交通部等與漁業經營有衝突的機關來決定專用漁業權海域範圍，吳斐竣質疑，上述這些機關有何專業能力審查申請人所提之事業計畫書是否符合海洋資源永續利用？
吳斐竣直言，上述荒謬現象凸顯我國《漁業法》並未肯認漁業價值、保障漁民，反倒是將漁業視為隨時可拋棄的敝屣。
漁會若無法為漁民爭取權益，將淪為談判補償金的仲介
吳斐竣接著指出，就經營實務而言，西部各地漁會幹部多半由地方頭人而非專業捕撈漁業漁民， 漁會工作人員也與一般上班族無異，要求漁會提出「海域養殖型」、「漁業資源保育型」或「漁業資源創造型」事業計畫書，顯然緣木求魚。
他表示，近年來中央推動離岸風電或天然氣接收站等海域開發，已證明漁會沒有能力提出科學依據為漁民爭取權益，僅淪為談判補償金的仲介。 吳斐竣判斷，現在漁業署與各地漁會的爭執，未必會對真正從事捕撈作業的漁民產生實際影響。
吳斐竣強調，專用漁業權的範圍僅為沿岸地區自平均低潮線起向外海延伸 3 浬之海域，漁民從事捕撈的海域遠不僅於此。若要漁業永續經營，是肯認沿近海漁業的價值並做出長期的規劃。面對綠能開發帶來利益大餅，若漁業署與各地漁會之間依然只有檯面下的交易，對漁民、漁業、離岸風電產業將是三輸。
