前總統馬英九日前表示，我國政府不應再稱呼新型冠狀肺炎為「武漢肺炎」。對此，指揮中心指揮官陳時中今（14）回應，武漢華南海鮮批發市場是第一個讓大家感到第一個威脅的地方，因此會有這樣的名詞，但事實上指揮中心已經用COVID-19稱呼該疾病有段時間。
馬英九日前公開呼籲，總統蔡英文應接受大陸提供的疫苗。對此，陳時中今日稍早視察勞動部中部檢疫所表示，中國大陸疫苗由於技術性並不完備，科學性資料也沒有發表，因此未列入我國政府的候補名單。隨後，媒體追問，馬英九這番言論，是否是與陸方有所接觸？陳時中則回，「可能他（馬英九）有吧，我這邊沒有這樣的訊息」。
另外，馬英九也表示，政府不應再以武漢肺炎稱呼。對此，陳時中今於指揮中心記者會上說，武漢華南海鮮批發市場是第一個讓大家感到威脅的起源，而全球開始注意到COVID-19的嚴重性，也是從武漢封城開始，因此對該疾病會有這樣的稱呼；各界針對該疾病，所使用名詞的都有所不同，不過指揮中心稱呼該病毒為COVID-19，也已經有段時間。
另外，有媒體提問，指揮中心是否要統一全國稱呼為新冠肺炎或COVID-19？陳時中表示，他們討論各種事情時，會用學名或俗名，至於俗名要怎麼稱呼，台灣也是言論自由的社會，只要不是帶有侮辱性的言詞，指揮中心沒有意見。
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