平面媒體爆料：蔡總統任內的國安會踰越元首幕僚身分，直接對軍方下達交辦事項，不過相關報導隨即被國防部和總統府再次否認，強調「插手統帥權」的說法絕非事實。（張柏仲報導）
根據媒體報導：理應身為總統幕僚角色的國安會，在蔡英文時代踰越分際的說法從未停歇，直接打電話給高層將領交辦事項的情節時有所聞。不過對此，國防部隨即回應澄清，媒體有關「國安會插手統帥權」的報導與事實不符；府方更直接點名特定媒體連續兩天操作類似議題，影響軍心士氣。國防部強調，國安會和國防部皆為國安團隊的重要組成份子，「一個團隊、一個目標」，都是為了提升國防戰力、強化國家安全共同努力，因此報載所謂「插手統帥權」的說法並非事實。
而這篇報導還提到，歷任總統從李登輝、陳水扁到馬英九，國安會和國防部並不存在上下隸屬關係，唯獨在蔡總統任內，國安會越權的傳聞從未間斷。例如國安會官員直接打電話給高階將領交辦事項，質疑這到底是承總統之命、還是國安會個人意見，恐怕難以區別；此外，蔡總統每週固定接見國防部長的所謂「小軍談」，也已經不再是總統與部長或參謀總長的1對1、或1對2談話，而都多了2到3位國安會官員陪同出席，報導認為這可能使得軍方難以暢所欲言。
不過對於外界的質疑，第一時間出面反駁的並非被點名越權的國安會，而是由國防部代為澄清；同時總統府隨後也由發言人張惇涵具名發出新聞稿，批評「這又是一篇未經查證的報導，內容「夾敘夾議」，諸多與事實不符」，府方甚至直指《中國時報》連續兩天操作類似議題，值此國際政經局勢複雜變遷之際，強調國軍軍心士氣尤為重要，呼籲媒體相關報導可以休矣。
