調查局除毒品調包、筆錄遭竊等重大公務疏失接二連三發生，酒駕、性騷擾、喝花酒等違法亂紀事件這兩年更是層出不窮，顯示除專業能力不彰，內部紀律控管更出現大問題。
在紀律問題上，最新事件是高雄處岡山站一名黃姓組長級資深調查官，日前酒後駕車釀禍，撞擊多輛停放在路邊的車輛，路人趨前查看時，發現黃昏睡在車內，身上散出的酒氣相當重，警消將黃送醫抽血，酒測值竟達一點二毫克，全案依公共危險等罪送辦。
高雄市處前鎮站副主任朱信吉曾喝花酒，台南市處府城站副主任劉明冠涉及洩密、桃園市處前機動站組長高得志遭六名女調查官控訴性騷擾，均遭拔官記過；新北市處莊姓調查官竊取兩名女調查官五件內褲依竊盜罪送辦；中部還有站主任被檢舉介入公司司法案件糾紛。
諷刺的是，調查局正、副局長每年都簽署一份「內部控制聲明書」，目的在遵循法令規定、保障資產安全等目標達成，去年內控聲明書記載：「本機關於一○九年十二月卅一日整體內部控制之建立及執行係部分有效，尚能合理確保部分上述目標之達成」，上面有局長呂文忠蓋章認證，時間是今年四月卅日。
呂文忠蓋章當下，徐宿良盜賣毒品案已爆發，相較如今各界已廣知的毒品贓物庫管理鬆散情況，這份內控聲明書更顯相當突兀，更可看出調查局的內控機制僅流於表面，實質上對諸如調查官在詢問室內應有的謹慎態度、毒品扣押物門禁管制等基本問題，並無落實管理。
各種光怪陸離事件發生後，內部懲處卻標準不一，光是航基站前組長徐宿良長期勾結黑幫盜賣毒品，在行政院長蘇貞昌痛斥天理難容後，高達卅五人被連坐懲處、調職，其中十二人移送監察院，調查局長呂文忠鞠躬向社會道歉，但懲處層級目前只到處長；對照高雄市調查處前副處長顏正義轉傳蘇揆摔筆訊息，就被記大過調職，更讓不少人感慨。