香菇是國內的重要食材，但近年台灣香菇產業面臨內憂外患，除了中國香菇透過越南洗產地入侵外，產量持續下滑也是一大內憂。學者及業界分析，香菇減產雖與氣候變遷、栽培技術有關，但關鍵因素之一為「菌種弱化」。（背景閱讀：台灣乾香菇三成是中國菇混充）
香菇的菌種如同蔬果的種子，無論是太空包或段木栽培，皆須接菌後才能長菇，倘若菌種弱化，香菇產量可能直接腰斬，甚至歸零。台灣菇產業榮譽理事長陳宗明指出，菌種弱化問題關係到香菇產業的未來，必須靠研發新品種以及新的菌種保存技術，才能突破。
十年間，香菇產量不斷下滑
國產香菇約 95% 採太空包種植，5% 為段木香菇，但查詢農業統計年報發現，過去十年來，兩者的總產量及平均產量都有下滑趨勢。陳宗明表示，近年來各地菇寮、菇場普遍都面臨產量遞減問題，一開始是減少一、兩成，但隨時間推進，減產幅度越來越大，有的甚至減產五成之多。他擔憂道：「香菇產業可能就此消失，菇農都非常焦慮。」
香菇長不好的因素很多，農業試驗所副研究員呂昀陞分析，香菇生長與菌種、栽培技術及環境氣候有關，部分菇寮的栽培環境為開放空間，栽培狀況容易受到外在氣候影響，近年來極端氣候頻發，尤其天氣越來越炎熱，高溫對養菇來說相當不利。倘若菌種有弱化，香菇的生長狀況會更不好，例如：生長速度緩慢、菇型不正常。
何謂菌種弱化？呂昀陞解釋，菇類菌種如同蔬菜水果的種苗，菌種都是無性繁殖而來，生長過程中如同人的細胞分裂，分裂時會有一些細胞出現突變。以人來比喻，人在孩童時期通常都很健康、充滿活力，但上了年紀就容易生病，甚至出現癌細胞，此狀況套用在菇類也適用，理論上，真菌生長有其規律和週期，生長速度突然變慢、畸形，「我們會懷疑是菌種弱化」。
香菇不正常的生長狀況，可能是菌種弱化
生長狀況變差讓人起疑，但如何確認是菌種弱化？呂昀陞說明，菌種弱化的表徵，與老化、退化有些相似，老化是正常使用、普遍功能變差，退化則是特定功能衰退，弱化則是正常使用下卻突然衰退。
以人為例，原本有慢跑習慣的人一陣子沒跑步，再次跑動時會肌肉痠痛，這是退化；20幾歲的年輕人，身體是顛峰狀態，跑步速度快而穩，如果一路跑到 60、70 歲，身體狀況衰退，速度、持續時間都會不如以往，便是老化；但如果 20 歲的人跑起步來像 80 歲，這就會是弱化。
呂昀陞進一步解釋，菌種是否弱化，很難透過肉眼判定，必須送到實驗室、以顯微鏡等儀器做檢驗。農試所檢驗目前的太空包及段木香菇的菌種發現，太空包香菇有一定比例出現菌種弱化，但段木香菇菌種有的依然保有活性，「菇長不好可能是因為天氣太熱」，或是管理方式需要調整。
菌種無性繁殖次數越多，越容易出現突變、弱化
產出菇類菌種、接種到太空包，再栽培到成菇，是緊密分工而來。吉承生物科技公司總經理溫承哲說明，菌種公司會先篩選好的菇體，接著把菇切開，取內部較無細菌或灰塵污染的組織，接著再把組織放入培養皿中長出菌絲，再看看哪些菌絲的表現比較好。
好的菌絲會持續擴大數量作為母種、栽培種，然後賣給太空包業者接菌，太空包內的木屑一開始呈現褐色，香菇菌種會先長出白色的菌絲，再慢慢轉為褐色，最後由菇農栽培。
菌種可能弱化的環節在於「擴培」，擴培的意思是增加更多菌數。呂昀陞分析，菌絲在培養皿約養 10 天後，會篩出母種，再把菌絲放到麥粒、木屑培養基中生長 21 天，一個麥粒瓶的菌數可以再接種 50 瓶，每擴培一次需要 21 天，一次完整的流程至少需要擴培兩次、歷時 73 天。不過擴培後菌株都要重新細胞分裂，因此每擴培一次就會多一次菌種弱化的疑慮，「有的太空包到菇農手上，可能已經擴培了七、八次」。
國內太空包菌種需求量為每年 400 萬個麥粒瓶，溫承哲也補充，菌種公司如同蔬果產業的育苗場，必須有專業技術，且要投入鉅資建置實驗室，因入行門檻高，所以食用菌種公司屈指可數。為滿足所有菇農的需求，每間公司要針對不同菇種，馬不停蹄地擴培菌種，擴培可以加速供給，但只要母種菌瓶出現菌種弱化，「一瓶弱化的菌種也會直接放大到數十倍」。
高士部落成立菌種中心，另闢在地菌種來源
香菇菌種弱化如何解決？業界目前有兩種方法：另闢菌源以及低溫保存菌種。屏東科技大學、農業試驗所與屏東縣牡丹鄉高士部落合作，成立全國第一座社區型段木香菇的菌種中心。屏科大森林系副教授吳羽婷從每年長出的香菇中選出表現最好的幾朵，並分離菌種，以利來年使用，在地菌種更能適應氣候的變化，也可培育出獨特風味的「高士香菇」。
屏科大森林系教授陳美惠補充，高士部落是全台最南端的段木香菇產區，栽培、產量更看老天爺臉色，近年來常常遇到一朵菇都長不出來，菌種中心的出現能舒緩弱化問題，此外，不只高士部落，台東縣東河鄉、新竹縣尖石鄉都陸續有菇農開始嘗試自行留菇、培養菌種，以分散弱化的風險。
台中八農會合資成立公司，技轉農試所液體菌種技術
至於太空包香菇，農試所則提供新的菌種生產技術。呂昀陞說明，目前業界採種都使用固體菇為原種，但此舉擴培次數多，難以確保菌種保有最佳活性。農試所開發新的菌種生產技術，以液體醱酵技術生產液體菌種，確保菌種能維持鮮度和活性，也讓菌種表現較為整齊，傳統作法生產一批菌種需要73天，液體菌種能保持較好的活性、使菌種繁殖速度加快，生產兩萬瓶菌種只需 38 天，且更省空間。
台中市為國內重要香菇產地，尤以新社區產量最多。為協助菇農克服菌種弱化問題，2020 年，新社、東勢、石崗、豐原、大甲、龍井、大肚與台中市農會以及台農投公司合資成立蕈源生物科技公司，並由新社區農會總幹事羅文正兼任董事長。羅文正表示，菌種向來供不應求，菌種公司為了接單，常常囤大量菌種，擴培時早已失去活性，菇農相對弱勢，即便覺得委屈也只能看人臉色。
羅文正指出，近年來，幾乎所有菇場都面臨菌種弱化問題，一分地的太空包每年進貨成本為 45 萬元，農民禁不起減產的虧損。農會合資成立蕈源公司後，技轉農試所的液體菌種繁殖技術，提供更好的菌種給菇農。
農民性格較為保守，一開始對新技術、新公司都沒信心，多數農民都採觀望態度，因此公司成立第一年僅產出 6 萬瓶菌種，但農民回饋菌種表現很好，第二年產量增加到 16 萬瓶，第三年更增加到 20 萬瓶，接下來有望逐步擴增到最大產量 100 萬瓶。
香菇產業急需加工用新品種來更新
除了多元管道菌源供應以及保持菌種最佳活性，陳宗明認為，「香菇需要新的品種」。過往台灣有兩個主要品種：271 及黑早，但兩個品種都已使用了 3、40 年，老品種的無性繁殖次數越多、時間越長，變異程度越大，且也更難應對氣候變遷，例如：271 以往是夏季產菇，但現在產量太差，幾乎沒人要種；黑早種植量較大，通常在冬季產菇，但近年來產量也起起落落。
陳宗明指出，近期市面上有新品種 273，平均產量算「及格」，但香味較差。私人菌種公司近年都在推新品種，但這些品種都是鮮食用菇，台灣香菇僅四成為鮮食用，有六成都是做乾香菇，現在乾香菇還是要用「黑早」香菇做才香。
「產地最需要加工用的香菇品種」，尤其乾香菇市場還面臨進口乾香菇的競爭，現在正是產業存亡之秋，期盼台灣未來能像日本一樣，每隔幾年就有新的香菇品種，以及新的菌種繁殖、保存技術，來讓產業更加精進。
