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環境部氣候變遷署規劃2025年實際徵收碳費，並會配合自主減量計畫提供優惠費率，但被環團質疑，目前碳費相關的子法尚未公布，可能會導致碳費收取時程有延後，也認為環境部應取消優惠費率並提高碳費價錢，否則有「給企業開後門」的疑慮，對此，環境部表示，預計於今年底提出相關子法草案；至於優惠費率，業者若未達標將會追回。
面對環團的質疑，氣候變遷署表示，《氣候變遷因應法》於2月15日公布施行，排放量自明年開始就會計價，並於2025年徵收，就時程上並無延後，相關草案預計於今年底提出，徵收費率將於明年第一季提交審議會討論後，由環境部核定公告。
至於優惠費率的問題，是為了鼓勵企業提高碳排放量所提出的，要達成也需有很多條件，像是必須轉換低碳燃料、採行負排放技術、提升能源效率、使用再生能源或製程改善，能實質減少排放量達指定減量目標者，才能申請核定優惠費率，若屆時未能達到者也須追回補繳。
氣候署強調，碳費徵收制度設計亦搭配多元工具，包含：透過溫室氣體盤查查驗登錄明確掌握排放量、建立排放標竿供事業依循、推動自願減量交易將減量誘因擴及更多對象等，現階段已經陸續預告相關子法且召開公聽研商會，為啟動碳費徵收機制做準備，表示環團質疑環境部把絕大部分心力放在自願減量額度交易制度上，實屬誤解。