行政院發言人李慧芝26日表示，前一晚閣揆卓榮泰要離開立法院院會時，已經獲得立法院長韓國瑜同意，相關程序都是依照立法院會議通知與議事規則進行。
25日立法院表定續審國民黨團所提「反廢死」、「反戒嚴」兩公投案，而民進黨立委占領主席台多時後於晚餐時間解散，19時20分卻由韓國瑜臨時宣布重回主席台，進一步由在野黨立委因著在場人數優勢，將兩項公投案表決逕付二讀，並由韓國瑜宣布繼續施政總質詢，然而直到20時40分都無行政官員到場，在場者面面相覷，畫面直播引起熱議。
黨政人士指出，依照《立法院議事規則》第22條，只有在「總質詢進行中」，會議方可自動延長，而突襲開會之時並沒有進行質詢，因此那段時間就是「非法會議」，所做出的任何決議也應該視為無效，反而後來才補宣布開始質詢，完全就是為了事後補正，企圖用「質詢進行中」的名義，來追認此前的非法會議決議，完全扭曲議事規則。他示警，如果這樣的手法被默許，未來立法院長可以不發會議通知、跳過正常程序，隨時突襲開會，通過任何院長想要通過的法案。
李慧芝對此也指出，依照當日實況，卓榮泰上午8時58分左右進入議場、中午休息時約12點03分離開，直到14點26分左右再次進入議場，而表定會議時間結束後，卓榮泰有正式向韓國瑜道別，也獲得韓國瑜同意後，才在18點15分左右離開立法院，當時並無質詢事實。
李慧芝說，立法院3月24日發給行政院長的函示（台立院字第1140700684號）就寫清楚了，25日院會開會時間是上午9時至下午6點，行政院長按照立法院通知及立法院議事規則所訂的開會時間內，在立法院內等待備詢，沒有問題。
李慧芝回顧，由於會議時間結束前立法院仍有討論事項尚未進行，還沒正式進入「繼續質詢」程序，在立法院並未宣布延長會議的狀態下，「卓院長於開會時間結束後，向立法院韓院長道別並獲同意後，才率行政團隊離開立法院」，相關程序皆依立法院所發會議通知以及立法院議事規則規定進行。