【部分錯誤】網傳「食藥署公告市面兩種常見的益生菌將來會被禁止使用在食品原料上，分別為『糞腸球菌』以及『屎腸球菌』...腸球菌卻容易被壞菌影響，包含易被污染，以及遺傳物質的替換，這使腸球菌轉換成致病菌」？
經查：
一、食藥署表示，這兩種菌並未列為禁用，只是限制使用，在未經確認食用安全性前，不得作為食品原料。
二、食藥署曾說明，基於腸球菌菌株具有萬古黴素之抗藥性，且部分具有抗萬古黴素抗藥性基因之腸球菌菌株與醫院院內感染相關，因此聯合國糧食及農業組織與世界衛生組織聯合工作小組不建議將腸球菌作為益生菌供人類使用。
三、專家指出，細菌之間基因轉移的情況非常普遍，但腸球菌是否特別容易被「壞菌」影響並轉換成「致病菌」，並沒有充分科學實證支持。
四、專家指出，人類食用腸球菌，是否就容易會交換到對人體有害的基因，亦有待更多科學實證來說明釐清。
因此，此傳言為「部分錯誤」訊息。
背景
通訊軟體流傳一段訊息：
「【 你有買這些益生菌嗎？它們即將被禁用了 】
.
食藥署公告市面兩種常見的益生菌將來會被禁止使用在食品原料上，
分別為「糞腸球菌」以及「屎腸球菌」。
這兩種腸球菌培養環境條件較寬，因此價格低廉，
許多號稱百億千億菌菌數的廠商會藉此為菌數灌水。
益生菌其中一項好處就是抑制壞菌，
然而腸球菌卻容易被壞菌影響，包含易被污染，以及遺傳物質的替換，
這使腸球菌轉換成致病菌…」
查核
爭議點一、食藥署是否曾公告「糞腸球菌」以及「屎腸球菌」將被禁止使用在食品原料上？
（一）查核中心檢視衛福部食藥署官網，曾於2018年11月發布新聞稿〈公告訂定「原料『糞腸球菌(Enterococcus faecalis)』及『屎腸球菌(Enterococcus faecium)』之使用限制」，並自中華民國108年7月1日生效〉。
（二）查核中心採訪食藥署，食藥署表示，這兩種菌並未列為禁用，只是限制使用，在未經確認食用安全性前，不得作為食品原料，但業者若能提出菌株相關安全性資料，且完成申請作業程序，獲得許可後就可以做為食品原料使用。
爭議點二、食藥署為何限制「糞腸球菌」以及「屎腸球菌」使用於食品原料上？
食藥署曾於2017年11月14日說明，糞腸球菌及屎腸球菌為腸球菌屬（Enterococcus）的主要菌種之一，過去曾被歸類為益生菌，惟聯合國糧食及農業組織與世界衛生組織聯合工作小組（Joint FAO/WHO Working Group）重新評估後，基於腸球菌菌株具有萬古黴素（vancomycin）之抗藥性，且部分具有抗萬古黴素抗藥性基因之腸球菌菌株與醫院院內感染相關，因此不建議再將腸球菌作為益生菌供人類使用。食藥署為使腸球菌之管理與國際接軌，更為保障民眾健康之考量，因此限制使用。
爭議點三、傳言提及「腸球菌卻容易被壞菌影響，包含易被污染，以及遺傳物質的替換，這使腸球菌轉換成致病菌」是否屬實？
（一）查核中心採訪亞東醫院肝膽胃腸科醫師陳冠至，他說明，細菌之間會有基因水平轉移（horizontal gene transfer，縮寫：HGT）現象，意即細菌之間會交換遺傳物質，舉例而言，A細菌如果帶有具抗藥性的基因片段，B細菌可以透過「基因水平轉移」將此基因片段吸收嵌入自身原本的基因之中，B細菌之後繼續繁殖，就會產生越來越多擁有抗藥性基因的細菌，導致B細菌的致病能力和毒性因而增強。而「腸球菌」的確是容易嵌入抗藥性基因片段的菌種之一。
陳冠至解釋，此段文字敘述若要更精確易懂，可以改為「腸球菌容易透過基因水平轉移從其他細菌獲得抗藥性的基因，使得腸球菌致病能力提高」。
（二）查核中心採訪中興大學食品安全研究所助理教授林哲安，他表示，過去在台灣，腸球菌於保健食品的應用非常普遍，由於腸球菌廣泛存在人體腸道中，業者相對容易取得，且腸球菌容易培養，因此加工成本較為便宜。研究觀測，腸球菌具有穩定腸道的功能，然而因腸球菌部分菌株含有可致病之毒力因子，並可能帶有抗生素抗藥性基因，故可能對人體健康產生危害。
要特別注意的是，醫院必須格外注重感染防治，原因是醫院內有許多服用抗生素的病患，此導致醫院中帶有抗藥性腸球菌的數量較多，如果沒有做好院內環境衛生管理，當病人手術完身體狀況未恢復，又遇到院內抗藥性腸球菌感染時，如免疫系統無法對付，可能就會導致患者嚴重的傷亡。
林哲安說明，醫院環境與居家住所並不同，健康人體中的腸球菌鮮少引起感染，民眾不用過於恐慌。且人體腸胃道本來就有胃酸、腸道酵素、身體內的微生物等防禦機制，因此細菌要透過如益生菌這種食品途徑在體內生殖、造成感染，需要多種條件才能達成。
林哲安指出，傳言的說法太果斷，細菌之間的基因轉移的情況是非常普遍的，在一個複雜的菌相之中，同質性菌群之間本來就有機會去交換基因，但腸球菌是否特別容易被「壞菌」影響並轉換成「致病菌」，並沒有充分科學實證支持。此言論的描述方式容易誤導民眾對腸球菌的認知，而人類食用腸球菌，是否就容易會交換到對人體有害的基因，亦有待更多科學實證來說明釐清。
結論
一、食藥署表示，這兩種菌並未列為禁用，只是限制使用，在未經確認食用安全性前，不得作為食品原料。
二、食藥署曾說明，基於腸球菌菌株具有萬古黴素之抗藥性，且部分具有抗萬古黴素抗藥性基因之腸球菌菌株與醫院院內感染相關，因此聯合國糧食及農業組織與世界衛生組織聯合工作小組不建議將腸球菌作為益生菌供人類使用。
三、專家指出，細菌之間基因轉移的情況非常普遍，但腸球菌是否特別容易被「壞菌」影響並轉換成「致病菌」，並沒有充分科學實證支持。
四、專家指出，人類食用腸球菌，是否就容易會交換到對人體有害的基因，亦有待更多科學實證來說明釐清。
因此，此傳言為「部分錯誤」訊息。
參考資料
再次說明預告限制「糞腸球菌(Enterococcus faecalis)及屎腸球菌(Enterococcus faecium)不得作為食品原料使用」草案
公告訂定「原料『糞腸球菌(Enterococcus faecalis)』及『屎腸球菌(Enterococcus faecium)』之使用限制」，並自中華民國108年7月1日生效