日本姓氏來源分三種，最常見的姓叫做「苗字」

 (圖片取自 維基百科-Alvin Lee)

日本人的姓氏與華人的概念不太一樣，非常複雜，甚至連日本人可能也搞不太懂。日本人的姓氏分為氏名、姓、苗字三種，其中「姓」是最不重要的，而苗字基本上可以理解為華人概念中的姓，但它和與氏名、姓在現代一同被視為姓氏生成的一個來源，三者又可通稱為「氏」，與「名」相對；不過在古代，氏名、姓與苗字是有個由前而後的稱呼順序。比如德川家康的全稱為「源朝臣德川家康」，源為氏名、朝臣為姓、德川為苗字、家康為名諱。

氏名是最早的姓氏來源，與中國的姓氏起源差不多，其生成有的來自地名，比如發源自吉備的吉備氏；有的來自官名，比如掌管祭祀的忌部氏；有的來自天皇賜姓，比如日本四大貴族姓氏「源平藤橘」(其中藤指藤原氏)。同氏名不代表有血緣關係，有的時候只代表同一職務或統屬的團體。

姓則類似於印度的種姓制度，是大和政權賜給貴族以別地位、功勞的賜姓，比如最早定出地位高低的「八色」姓：公、臣、連、造、直、首、 史、村主。但這些姓氏重要性漸漸降低，真人、朝臣、彌宿等新賜姓變得更為顯要。

等到日本自中國引進更為嚴密的官階制度，以往用來別身份高低的姓重要性再次降低；而日本平安時代過後，姓的存在不如氏名可以別貴賤、出身，也不如由氏名分系的苗字來得切身有用，通常只有在正式場合才會提出，比如上述的源朝臣德川家康。姓排在氏名的後面並列寫出，擁有完整的氏名、姓、苗字是貴族的特權，有些出身卑微的顯要人士為了得到這個特權會去請出身顯貴的人認他為養子以得到氏名，不然就是自己編造祖先的源流。

最後是苗字，苗字的形成概念很像中國的「氏」(氏從姓中分化而來)，當朝廷賜予的氏名不夠用時，自然會衍生出更多姓氏，這種姓氏日本人統稱為苗字，它包含依職業、居住地、官職名而衍生出的各種新姓氏。對貴族來說氏名是最重要的，排在最前頭，姓雖然不怎麼重要，但如果有姓也會寫出來，最後是苗字。

擁有姓氏是種特權，所以在武士統治日本的時代，除了佩刀可以顯示身份之外，能擁有一個苗字也很光榮(當然，如果本身就有氏名就不會特別追求苗字)，所以「苗字帶刀」成為一種身份地位的象徵。

苗字與氏名、姓最後都一起成為日本姓氏來源的一部份，且其構成比例最龐大，所以對日本人來說，苗字的意義接近於華人的姓。

原本絕大多數的日本人是沒有姓氏的，但明治維新之後日本政府為了方便紀錄、管理人口，規定所有日本人都要取個「苗字」；因為大家不知道怎麼取苗字，於是居住地、居所附近特色、職業等都成為取名來源，於是木下、田中等看起來很隨便的苗字應運而生；另外，稍微有點學問的人為了讓自己的苗字看起來比較顯貴，就取了一個帶有「藤」字的苗字，比如佐藤、安藤、伊藤等等，這就是為何日本姓氏常常看到藤的原因。