由於過境服務費已17年未調漲，交通部預告修正「使用國營航空站助航設備及相關設施收費標準」草案，目前每架次新台幣1萬元提高為1萬3,500元，調幅約35%，估計每年收入約30億元，目前已由交通部預告中，預告期滿後，民航局會儘速完成法制及行政程序並確認實施日期。
根據草案預告內容指出，鑑於台北飛航情報區除須維持營運所需成本外，仍需定期規劃汰換相關系統及設備，包含監視、助航設施、機場燈光、陸空無線電，以及航管、氣象、情報、通信等系統，以確保空運安全、永續與韌性，為反映提供過境航路飛航服務相關成本之增加，確保飛航服務的良好品質，因此修正第十五條附表之過境航路服務費費率。
不過對於過境服務費各國收費標準不一，部分較大情報區會採距離收費，台北飛航情報區各航路距離差異不大，所以採一次性收費，現行為每次1萬元，但近年隨著各項設備更新、航班未回到疫情前高峰，已出現虧損。
民航局表示，北飛航情報區之過境服務費已17年未曾調整，且仍持續增添及更新系統與設備，因長期未調整，目前台北飛航情報區收取的過境服務費，相較鄰區或東亞多數飛航情報區，均低廉許多。經蒐集各方資料，參考鄰區情況，民航局已召開說明會說明調整緣由並蒐集各方意見。此案目前已由交通部預告中，預告期滿後，民航局會儘速完成法制及行政程序並確認實施日期。
根據統計，2019年過境航路服務費收入創下24億元新高，然而2020年初爆發的COVID-19疫情導致全球航班銳減。2021年收入較2019年大幅衰退73%，雖然2023年逐漸恢復，但仍未達疫情前水準，呈現虧損狀態。
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