為配合陸軍軍團改制為作戰區，考量三軍聯合作戰，國防部有意將位於台南仁德的空軍防空暨飛彈指揮部，搬遷到高雄旗山，旗山也是第四作戰區指揮部，即陸軍八軍團指揮部所在位置。據指出，國防部係基於戰略考量，決定將防空暨飛彈指揮部從仁德搬遷到旗山，與八軍團「合體」。
空軍防空暨飛彈指揮部是國土防衛的第一線，目前轄有3個飛彈群，下設多個飛彈營，分布全島各地，包括愛國者3型、天弓2及3型、鷹式飛彈等防空飛彈，並有一定數量戰術反制飛彈（地對地飛彈）。
據指出，飛指部搬遷有利於平戰轉換體系指揮；不過，飛彈第一擊的指揮權，仍屬國防部長。防空飛彈發射需由國防部長同意下令，並授權參謀總長指揮，空軍飛指部始得發射飛彈 。
儘管空軍飛指部已獲知將搬遷，不過，空軍內部仍有不同看法，認為從仁德搬到旗山仍應從長研議。1名官員說，飛指部有些幹部仍希望能留在仁德，國防部考量是，如果空軍位於大直的國防部衡山指揮所與台北公館的空軍作戰指揮部戰時受到敵軍攻擊，飛指部可以接替戰管與防空任務，但依空軍作戰指揮鏈，若空作部戰管發生問題，位於花蓮的教準部也有戰管席位，可以接手，此外，空軍在南部也有戰管中心，空指部是第3順位，所以不必非得遷到旗山。據了解，飛指部遷旗山政策國防部已拍板，將與空軍再行溝通。
飛彈指揮部出最早設在新北市泰山，2017年9月搬到台南仁德，位在台南空軍基地旁營區。另第四作戰區內，除有空軍飛彈指揮部，位於左營的海軍艦隊指揮部亦在作戰區內。另據了解，海軍海鋒大隊已由淡水三芝搬遷到台中清水，未來將擴編為岸置飛彈指揮部，與第五作戰區，陸軍第十軍團指揮部相近。
