針對立法院通案刪減中央政府總預算，政院立場明確，籲請立院傾聽民意、懸崖勒馬。行政院長卓榮泰今天(18日)上午前往金門慰勉海洋委員會海巡署金門地區同仁時也表示，刪減預算「不能刪安全，不能減尊嚴」，國家安全不能毫無根據就遭刪除，首長的特別費也不應被「一刀砍下去」；卓揆並以海巡建造艦艇為例，這類長年計畫會因某一時的變動，而影響相關工作的推動進行。
行政院表示，立法院通過的中央政府總預算案通刪決議，要求總刪減不得低於新台幣939.75億元，若再加計台電刪減1千億元及其他刪減數，整體刪減將超過2千億元，較2024年度約增1700多億元，這會嚴重影響政府許多施政規劃，對國家未來產生全面性衝擊。
行政院長卓榮泰在海巡署金門巡防區指揮部表示，政府一直致力強化海巡設備，海委會「籌建海巡艦艇前瞻發展計畫」規劃2018年開始10年內，打造141艘艦艇、總經費400多億，相關工作正陸續完成，但這類長年計畫若因某一年、某一時發生變動，會讓計畫延後或受到阻撓，卓揆：『(原音)我也特別要說，陳(玉珍)委員在這裡，刪、不能刪安全，減、不能減尊嚴，國家的安全不能毫無根據地就刪除，無論是統刪、個案刪，都要顧慮到國家整體安全，減也不能減尊嚴，把所有首長的特別費這樣一刀砍下去。』
卓揆指出，首長特別費被講成「私房錢」，但事實絕非如此，沒有一筆特別費是放在首長自己口袋裡，每位首長所做的都是更多關懷同仁部屬、對民眾更多關懷與照顧，卓揆說：『(原音)剛好委員(陳玉珍)在，我們也希望委員能聽聽大家的聲音，我也很高興，最近在審查預算過程當中，有聽到一些民眾的聲音、團體的聲音，所以也做了相當的修整，有一部分昨天已經表決通過了，是不是還能起死回生，我是不知道，但未來一定讓我們整個國家的執行造成很大的困難。』
卓揆表示，沒有立法院的支持，「我們寸步難行」，而政院覺得窒礙難行時必須做很多處理，會阻礙每天的工作。
回到海巡業務，卓揆強調，一定會維護海巡弟兄的工作安全和尊嚴，並期盼共同保障國境平安跟國家主權，賴總統與中央政府所有同仁將與海巡站在一起，同站一條線上。