花蓮實際開始種植咖啡的歷史，能夠追溯至日治時期。日本政府在當時有計畫地調查臺灣的山林農牧等資源，積極開發，引進財閥投資與移民進駐，使得來自花蓮的咖啡以「臺灣產珈琲」在日本國內市場名噪一時，在戰後卻因種種歷史因素逐漸沉寂。
至21 世紀的今天，花蓮咖啡在這片得天獨厚的自然環境與花蓮縣政府積極輔導、花蓮農友刻苦辛勤的勞動下，咖啡產業再度復甦。花蓮咖啡農友在北緯23 度線上，發揮了職人精神，重啟在地的咖啡栽植產業。花蓮農民帶著強烈的企圖心，希望透過在地咖啡獨特的風味表現，向世界介紹花蓮絢麗多姿的純淨風土。
花蓮如同另一個海島咖啡產地——夏威夷，具有豐沛的太平洋海風吹拂，咖啡產區以中央山脈及海岸山脈共同組成，北從鯉魚潭、南至秀姑巒溪的河川挾帶充沛水氣，非常有利於咖啡植。現今花蓮咖啡的品種多數是從日本時期由小笠原群島引進的古老品種「鐵比卡」，普遍種植於各花蓮鄉鎮間。花蓮的山脈、海洋、河川常於咖啡產區共同交會，容易形成高濕氣的微氣候，這也造就了咖啡迷人的風土氣息，而純淨的水土更是花蓮作為咖啡產地的優勢。
有鑑於此，花蓮縣政府於這場在地咖啡產業的文藝復興之中，長期與農民合作深耕，推動有機咖啡栽培與認證，希望透過有機，無毒、無汙染的農業生產方式，創造出能夠兼顧永續發展與優質風味的咖啡栽植環境。從109 年開始培訓在地 「CQI QGrader 咖啡品質鑑定師」，開設「咖啡後製加工輔導課程」、「自主咖啡品質管理杯測坊」等咖啡課程，期望藉由培訓在地杯測師們能肩負傳播花蓮咖啡種子的任務並協助各區咖啡農友討論咖啡的品質。現今，花蓮是全臺灣有機農業栽培認證面積最大的咖啡產區，未來也將繼續朝有機咖啡方向耕耘，帶領花蓮咖啡邁向國際咖啡舞台。