【本文由環境部提供】
環境部持續關注並清理二仁溪河道廢棄物，致力改善二仁溪水質，該河道廢棄物經環境部及經濟部共同努力下，自98年迄今執行包括「二仁溪河道廢棄物清理實施計畫」（第一期計畫），已移除廢棄物計約13.6萬公噸，執行經費超過新臺幣10億元。經過數十年努力，二仁溪整治已有明顯成效，嚴重污染河段於90年為65.2公里，至112年已大幅降低為17.3公里。
為解決二仁溪河道廢棄物問題，環境部除分別於108年、110年補助臺南市政府清理河道裸露廢棄物外，並委託工業技術研究院執行河道廢棄物場址之環境調查、清理方案評估，再於113年執行廢棄物乾溼篩分試驗計畫，有效評估廢棄物量體及尋求最佳清理方案。為求澈底解決二仁溪問題，環境部提供臺南市政府上述計畫執行成果做為參考，該府於彙整高雄市政府清理計畫後，研提專案計畫送環境部審核，並爭取行政院核定。
環境部已於114年2月4日向行政院提報「二仁溪河道廢棄物清理第二期專案計畫（草案）」，預計清理二仁溪河道計4處場址一般及有害事業廢棄物、受污染土壤等，經費約新臺幣13.45億元，待行政院核定後，將儘速補助地方政府辦理河道廢棄物清理作業，以確保環境得到妥善保護。環境部將繼續努力，致力於提升二仁溪的水質與環境品質。