交通部推動台鐵公司化，雖然條例已經通過，不過員工最憂心的福利是否縮減，已經是能不能提升待遇留才，否則台鐵人力缺乏也無法提升安全。但近日台鐵企業工會和資方協商又出現問題，企業工會同意留才獎金僅2000元，等於公司化後月薪只加2000元讓產業工會不滿，認為協商應該公開透明，更踢爆傳行政院長蘇貞昌的想是，如台鐵員工成功通過罷工以爭取福利就要修惡勞基法，強制要求國定假日出勤。
臺灣鐵路產業工會理事曹嘉君表示，國家過去對於台鐵的改進總是亡羊補牢只做半套，從過去普悠瑪事故後時任台鐵局長張政源及交通部長林佳龍對鐵路員工的承諾跳票，再到太魯閣事故後交通部長王國材及鐵路工會理事長陳世杰對外的說法可知，資方從行政院、交通部到臺鐵，皆未兌現相關諾言。
他說，在鐵路工作第一線基層上週提出交通部，要求留才方案公開透明，但竟然傳出行政院協商代表轉述蘇貞昌院長意思：「只要罷工通過，他將要修改勞基法，明訂三班輪班人員未來在國定假日不得拒絕出勤」，也就是說行政院要再修惡勞基法。
宜蘭分會理事劉仲書提到，臺灣鐵路工會本會於8月24日第二次臨時理監事會中，同意通過資方所提出包含全體留才獎金2000元等協商條件，引發員工強烈不滿。對此我們認為，公司化協商談判過程應秉持「公平、公開透明」原則，強烈反對拒廣大員工於門外的「閉門協商」！政府應實現過往承諾，積極尋求臺鐵員工更大的集體共識。
產業工會表示，當前企工本會協商代表與政府之協商，已無法反映員工整體意志，且協商過程既不公開、也不透明，協商事項與條件，皆應充分受各地員工共同檢視，這並非少數人的事，而是攸關多達1萬6千名員工的權益事項。
對此行政院交通環境資源處處長陳盈蓉出面接受陳情時表示，對於休假修勞基法的事情是誤傳，尤其國定假日休假需要經過協商制定團體協約。
交通部長王國材在台鐵汐止「K10+860~K13+483隔音牆噪音改善工程開工祈福典禮」時回應，交通部留才方案都有跟企業公會討論過，目前是對關鍵人才、司機員加薪都談了，企業工會成員應該都了解，比較大幅的加薪會在公司化盈餘時再提，先把民眾關心的安全做好，目前留才方案就是這樣，期待台鐵員工一起努力，只要公司化有好的成績，薪資福利不是問題。
