國台辦發言人馬曉光（29日）在記者會上提到「經多方努力，上海復星醫藥集團供應台灣地區的第一批復必泰疫苗於今年9月順利抵台，9月22日，復必泰疫苗在台正式開始接種。截至目前，已實現共計14批次到貨約1240萬劑，12月底第15批次將抵台93萬劑，屆時本年度合計運抵島內1333萬劑。」他甚至指責「民進黨當局出於謀取政治私利，不但對大陸的善意視而不見，甚至惡意污蔑大陸疫苗，粗暴阻斷大陸疫苗入島提供台灣同胞使用。」對此指揮中心表示中國大陸國台辦針對臺灣防疫發言內容錯誤，並發出澄清說明。
中央流行疫情指揮中心今（31）日表示：
一、鑒於兩岸往來頻繁，為掌握疫情狀況，向來致力與中國大陸保持資訊交流，我方自108年12月31日至110年12月28日，與中國大陸透過正式管道就 COVID-19 疫情往來資訊包括陸方提供我方疫情資訊286次，我方提供陸方包括個案大陸旅遊史等資訊共50次。另我方洽詢陸方疫情訊息計85次，陸方回覆我方疫情資訊21次，而陸方洽詢我方疫情訊息29次，我方回覆陸方疫情資訊28次。陸方電話洽我方聯絡疫情資訊7次，我方電話洽陸方聯絡疫情資訊8次。此外，陸方提供我方技術文件共計12次。相關數據都有文件紀錄可查數，國台辦提供數據有與事實不符之處。
二、為與國際分享、交換衛生、防疫經驗，我國均積極爭取參與世界衛生組織相關會議，自2009年至2021年，共向WHO申請參加220場技術性會議，但僅77場獲邀出席。
三、為守護國人健康，我國政府一直多方洽談COVID-19疫苗購買，在BioNTech疫苗取得上，為尊重BioNTech原廠疫苗商業代理權劃分，BioNTech 疫苗係由台積電、鴻海／永齡基金會、慈濟基金會三捐贈方委託裕利醫藥公司，向原廠代理商復興實業公司（香港復興）有償購買，在基於「原廠製造、原廠標籤、直送臺灣」三原則的共識，全部無償捐贈政府統籌運用，對於捐贈單位出錢、出力，無私付出，不應被扭曲抹殺。
莊人祥說，中國說送了1333多萬的疫苗，但事實上這些疫苗是台積電、永齡、慈濟捐贈的疫苗，再跟原廠代理商購買的，且中國提到讓台灣參加會議，事實上從2009到2021年跟WHO申請參加220場，只有77場獲邀出席，且可能有更多會議台灣也不知道。指揮中心強調，疫情尚未止息，人民健康福祉為先。兩岸應互助合作，防疫優先，才能維護兩岸民眾健康。
