受新冠肺炎疫情衝擊，高鐵和台鐵的旅客也是大量流失，客運量均連續兩年衰退，而今年再度爆發嚴重的本土疫情，更導致國人自主減少外出，上半年運量恐怕會持續衰退，只能寄望下半年疫情趨緩並開放邊境，來拉高全年的旅客量。
台灣高鐵於2007年1月通車以來，客運量年年成長，到2019年全年旅客量衝高到6,741.1萬人次的歷史紀錄，日均量近18.5萬人次，但2020年1月下旬疫情蔓延全球後，旅客量開始下滑，當年總運量為5,723.9萬人次，衰退幅度近15%，2021年是高鐵通車營運第15年，但疫情持續，全年輸運量4,346萬人次，又較上年度減少約24%。為高鐵通車以來首次連續兩年運量衰退，若今年運量再下滑，將是連三年負成長。
台灣高鐵公司表示，2021年疫情較2020年更為嚴峻，台灣於5月進入三級警戒，對營運衝擊幅度超過2020年，在旅客量減少的狀況下，高鐵實施短期減班計畫因應，直到當年11月上旬才恢復至疫情前的班次規模。
至於台鐵，雖然西部長途旅客量被高鐵吸走，但多年來加強城際列車和區間捷運化的營運後，旅客量已穩定，平均每日旅客量在60萬人次以上維持了八年，2020年疫情爆發第一年，日均旅客量下滑到55.6萬人次，2021年日均量再減少到42.4萬人次，較疫情前2019年衰退近35%。今年初疫情稍有緩和，旅客明顯回籠，但4月疫情復熾，旅客量再度減少，當月日均旅客量43.8萬多人，5月疫情益發嚴峻，預期旅客量將會持續下滑，而今年台鐵旅客量若衰退，也將和高鐵一樣連三年負成長。
