因應疫情，各國先前陸續實施邊境管制，可能影響個人跨境移動而引發其境內居留天數認定個人居住者身分疑義，KPMG 安侯建業聯合會計師事務所建議，如果對身分認定有疑義，建議可按以前年度申報方式先行申報並備妥相關事證，在稽徵機關有查核需要時提供認定。
受 COVID-19 疫情影響，各國政府採行邊境管制、限制旅行或強制檢疫等措施，及企業要求員工居家或異地辦公，皆可能造成個人跨境移動改變或於疫情期間停留於工作地點無法返國，進而引發依其在我國境內居留天數認定個人居住者身分疑義。
KPMG 表示，考量各國政府或企業採行前開相關防檢疫措施屬緊急及具暫時性質，財政部對外發布新聞稿，不宜因而改變個人關於居住者或非居住者身分認定，扣繳單位給付各類所得、營利事業分配股利、盈餘，或個人辦理綜合所得稅結算申報時，如果對於身分認定尚有疑義者，建議可按以前年度申報方式先行申報並備妥相關事證，例如說明為何無法返台或離台，於稽徵機關有查核需要時提供認定。
KPMG 安侯建業稅務部協理楊華妃提醒，說明為何無法返台或離台的相關事證，可能因受疫情影響導致國境封鎖或班機取消，因此被迫滯台或無法返台，如僅因外國疫情嚴重，國人是回台避疫情進而導致本來為非我稅務居民身分的國人，因居留天數超過 183 天變成具有我稅務居民身分，則依所得稅法相關規定。
楊華妃表示，雖然所得給付單位有先依相關規定按非我國居住者身分就源扣繳，但具有我稅務居民身分者仍須在五月所得稅申報季申報個人所得稅。如因申報個人所得稅，按其所應適用的累進稅率超過 20% 以上，則所得人將有補繳稅款的可能。
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