突破性感染案例頻傳，指揮中心上月15日起加嚴長程航班機組員檢疫規定，但也引發異議。長榮航空與長榮航空關係企業工會向民航局建議，因機組員工作環境導致鼻腔黏膜乾燥，侵入式的鼻咽拭子採檢造成極度不適，除PCR檢測可恢復咽喉採檢，也可有明確放寬檢疫強度時程，並恢復機組員自宅居家檢疫，維持飛航安全。
因應Delta變種病毒入侵，指揮中心8月底實施有接種疫苗的長程航班機組員，須進行5到7天居家檢疫，且須入住防疫旅館或公司防疫宿舍。上月再加碼至長程航班機組員，即便完整接種疫苗達2週且抗體檢測陽性者，入境後須居家檢疫5天並PCR採檢為陰性，接著進行9天加強自主健康管理，於第9天、第14天進行PCR採檢。
長榮航空指出，現行規定機組員居檢結束日(D5或D7)之PCR檢驗須以「鼻咽拭子」採檢，但機組員長期處於高空環境工作導致鼻腔黏膜乾燥，侵入式的鼻咽拭子採檢已造成多數人極度不適、疼痛甚至流鼻血，且文獻上也曾有做完鼻咽拭子後腦脊髓液滲漏的報告，衍生機組員心理恐懼與壓力，亦可能因此影響飛安。
長榮航空關係企業工會則建議，有鑑於台灣疫情已控制得當，不妨考量恢復能夠在自宅居家檢疫之選項。也希望指揮中心能明確說明機組人員(加強)自主健康管理期間能夠從事的活動和可以前往的地點，有明確規範可遵循，以安定機組員情緒。
長榮航空關係企業工會表示，目前檢疫5＋9措施並無明確解封時間表，建請指揮中心說明在何種條件下，如國人疫苗普及率達六成以上，可解除／或減少管制措施，讓機組人員能夠安心，情緒穩定，更加維護飛行安全。
