教育部在2017年作成處分，認定「國語日報社」是政府捐助的財團法人，國語日報不服，提告請求撤銷處分，台北高等行政法院認為國語日報成立時，財產未超過一半來自政府，並非政府捐助的財團法人，撤銷處分。教育部不服提上訴，昨遭最高行政法院駁回確定。
對於官司敗訴，教育部終身教育司長李毓娟表示，由於才收到判決，必須跟長官報告，再與委任律師討論後，才能決定後續怎麼處理。
國語日報代理董事長孫慶國則表示，感謝司法公正審判，國語日報不是在為政治服務，而是要為兒童教育而努力。未來，國語日報將改變及轉型，更符合兒童的需求，同時也會走向數位化，以在媒體市場更有競爭力。
本案是因教育部為釐清國語日報社是否具政府捐助財團法人性質，以進行後續監督管理，教育部基於主管機關權責，經行政調查後，在2017年9月5日作成處分，認定國語日報社是政府捐助的財團法人。
教育部隨即以法人主管機關角色，要求國語日報在收到處分書1個月內召開董事會議，配合修正納入捐助章程條文，報請教育部同意變更後，依修正後的捐助章程，配合辦理董事改選，但國語日報不服處分，提起行政訴訟。
台北高等行政法院一審認為，國語日報社成立時，未有超過財產總額之50％來自於政府，非政府捐助的財團法人，判決撤銷教育部的處分，教育部不服提上訴，聲明廢棄原判決並駁回國語日報一審之訴。
但最高行政法院二審認定，教育部處分要求國語日報社召開董事會修正捐助章程、設置監察人、限定董事的組成與資格，並辦理董事改選事宜等事項，但這些變更應由民事法院裁定，教育部身為主管機關只有聲請權，無權逕以行政處分為之，駁回教育部上訴、判決敗訴確定。
