國造潛艦召集人黃曙光爆料有立委阻撓潛艦國造計畫執行，甚至有軍火商因沒有標到案子，資料直接丟給中共大使館。檢察總長邢泰釗認為此事涉及國家安全及國防機密，2日指示最高檢察署分案，發交高檢署、台北地檢署盡速查明案情，調查局也說將依檢方指揮偵處。
高檢署審酌潛艦機敏資料屬於國防機密，刺探、蒐集、交付都可能涉及《刑法》外患罪，昨已指派「重大危害國家安全及社會秩序案件」小組檢察官分「他案」調查了解，不排除將案件發交調查局國安站蒐證了解。北檢也分「他案」指派專責國安案件檢察官偵處。
法務部長蔡清祥昨赴立法院司法委員會專題報告，媒體詢問，馬文君1月有送音檔至國防部和檢調單位，指稱郭璽介入潛艦國造，但後續未有下文，蔡清祥說，他已請高檢署進一步了解，若檢調有收到相關資料，相信會依法處理。
民進黨立委鄭運鵬質詢時指，該案涉及國防機密，不能小看，一定要辦，起碼要對國家、盟友有所交代，詢問是否立案。蔡清祥說，上周報導出來後，高檢署、調查局已陸續了解，會有下一步偵查動作。
民進黨立委蔡培慧也批，據立法院職權行使法第50條規定，機密文件不得抄錄，但馬不但抄錄文件，甚至出去打電話，帶頭違法是事實，不解馬文君到底是為誰待在外交及國防委員會，應該說清楚講明白。
對於高檢署分他字案調查潛艦洩密案，馬文君說，她絕對配合檢調調查，現在國人也很想知道，究竟全案真相到底是什麼，檢調應該把整個案情釐清清楚。
行政院長陳建仁昨被問到對此事看法，陳揆只說，盼望各界不分朝野能夠支持國防自主。
