除了大量物品失竊，黃金博物館的10萬元以下小額採購案，因不須公告，館方高層愛給誰做就給誰承包，大地館花了50多萬元公帑搬家，理應連同牆面油漆作業都要統包，才能壓低總工程經費。不料，館方卻各自以9萬多元發包大地館2樓室內牆面油漆、3樓拆除及粉刷工程、1樓除黴、粉刷及內裝拆除工程，以及2樓拆除工程等5個小額採購案，由不同的廠商提出估價辦理。
離譜的是，這些小額採購案的工作人員，明明都是同一批人，但是發票上的廠商名稱卻都不同，承做採購案的公司地址，分別位於新北五股、南投或台東卑南等地，而且其中兩家廠商請款的核銷施工照片，居然出現同一張戴著帽子的工人正蹲在地上粉刷牆面，連照片都懶得改，顯見膽大包天，明顯有舞弊之嫌。
此外，該館的物件修繕費用也比市場行情高出許多，例如去年8月，為因應園區缺水緊急採購5個水塔，經查瑞芳當地水電師傅的安裝費用，只要7萬2千元左右，館方高層竟找來位於台南永康的業者施作，發票也未逐一開立品名，僅寫著黃金博物館給水改善案，費用高達9萬3千元，其他包括廁所推門及園區木門費用也比行情高出許多。
除了工程請款有問題，黃金博物館還找來藝術家楊恩生駐館1年，館方不但貼心安排二連棟的木屋讓他居住，還購置家具、替他繳納電話費，並由館方人員充當司機載他上下山，楊則在臉書大方曬照，顯示木屋環境極為優雅舒適，更提到是透過高中同學、前內政部長李鴻源推薦才能進駐。
但本刊調查，黃金博物館預算資料並無編列藝術家駐村經費，有次楊恩生友人來訪，為了停車問題與館方保全人員爭吵，一度要求館方辭退該名保全，後因事情鬧大才未得逞。
本刊調查，黃金博物館館長謝文祥篤信一貫道，曾經在上班及開會時傳教，更要求主管及同仁參加他的道場活動，並強制同仁的公務便當一律素食，每年慰勞員工的文康活動，也硬性規定得全吃素，館內人員對於謝文祥將個人信仰強加在員工上的做法，顯得頗不以為然。
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