藍營立委陳以信及立委王鴻薇，分別提出質疑台灣民主基金會改組問題。今天（28日）下午，台灣民主基金會晚間透過新聞稿表示，游錫堃已卸任，目前由吳釗燮代理，董事長出缺3個月內將重新改選；至於補助皆依規定辦理。
台灣民主基金會表示，依據該會「財團法人台灣民主基金會捐助暨組織章程」第八條及第十條規定，該會董事長游錫堃已於交接立法院長職務後，卸任當然董事及董事長職務，董事職務並由立法院長韓國瑜遞補，董事長職務則由台灣民主基金會副董事長吳釗燮代理。
台灣民主基金會表示，依據章程規定，董事長出缺後三個月內必須重新改選董事長，目前正在協調召開董事會時間。
政黨補助方面，台灣民主基金會表示，該會政黨補助皆依照「財團法人台灣民主基金會捐助暨組織章程」及「財團法人台灣民主基金會政黨補助計畫作業要點」相關規定辦理，並依據立法院各政黨席次比例分配各政黨補助金額。
國內補助案件方面，台灣民主基金會表示，任何國內學術機構及非政府組織，只要具備合法登記及立案之資格，皆可向該會提出申請。對於提交之國內補助申請案，皆依「財團法人台灣民主基金會補助計畫作業要點」等規定辦理審查及補助事宜。
有關仰山文基金會依相關規定申請補助方面，台灣民主基金會表示，游錫堃當時既非該基金會董事，更不是該基金會董事長；至於牽手基金會曾於 2023年提出補助申請乙事，該案早經撤案，並未執行。