隨國內大規模施打新冠肺炎疫苗，流感疫苗打氣明顯低落。民進黨立委吳玉琴表示，不少人對新冠肺炎疫苗與流感疫苗之間，是否會產生副作用多所疑慮，衛福部有必要積極釋疑、鼓勵施打。
立法院預算中心指出，疾管署統計2020年公費接種流感疫苗對象目標值及實際值，其中6個月至國小入學前幼兒，及醫事防疫人員接種的劑數皆低於目標值；高風險慢性病患及孕婦接種劑數，亦低於2017至2019年，顯示部分接種對象受新冠肺炎疫情影響，降低接種流感疫苗意願。
預算中心點出109年度已出現流感疫苗打氣降低的狀況，如今，類似情況依舊未獲改善。
根據疾管署統計，至2021年12月31日中午，流感疫苗接種558萬劑，低於去年同期591萬劑；65歲以上接種率43.54％，未達目標值53.5％；幼兒至少接種1劑的接種率54.86％，未達目標值55.5％；醫事人員69.81％，未達目標75.0％。
吳玉琴表示，比起去年，大家近期陸續施打新冠肺炎疫苗，短時間內若又要打流感疫苗，難免會對副作用產生疑慮。因此，衛福部必須加強宣導只要時間錯開即可，尤其是鼓勵風險較高的長輩更應踴躍施打。國民黨立委陳玉珍也說，新冠肺炎疫苗與流感疫苗不能同時施打，但只要隔一段時間就可以，衛福部在這方面的宣導顯然不足。她強調，流感併發重症與未接種疫苗有高度相關，為了維護國人健康、降低風險，衛福部要設法盡速提升流感疫苗的接種率。
