先前台北市因使用「台北通」做為疫苗預約平台，因此並未加入1922平台第19期公費疫苗預約中。北市直到第20期才回歸平台預約，不過昨（24）日開打後卻傳出「還缺約1000瓶莫德納疫苗」，約2萬劑的缺口。指揮中心發言人莊人祥表示「沒有少給」，但台北市長柯文哲則不客氣回嗆，「1922預約系統是你們的，疫苗也是你們在管，關我們什麼事？」指揮中心今（25）日記者會上，指揮官陳時中再度說明，北市報多少，就拿到多少疫苗，「可能是上傳數量時計算錯誤，沒列入造冊施打的醫療單位」，但目前已經緊急調了503瓶、大約1萬劑的莫德納，禮拜三也會再做一次調配，務必讓想打疫苗的人打到。
北市府昨日下午召開防疫記者會，有媒體提問「莫德納缺少約1000瓶、2萬人的劑量」時，柯文哲脫口說出：「好家在，現在已經沒有在台北的疫苗預約系統，都直接交給中央的1922，那預約系統你管的，疫苗也是你管的，莫德納、BNT打多少更是你管的，你現在說不夠，關我什麼事？系統都是你的！」將疫苗不足的原因全推給中央。
對此，陳時中今日記者會上表示，「北市的爭議，事實上1922平台各地方政府都會共同進行平台維護，台北報出來這個量，就拿到這個量。」分析是北市在計算上面漏算，因為前一波沒有參加中央預約平台，但很多醫療單位是「個別列冊施打」，這些疫苗都已經分送到21家醫院去了，北市在平台維護時，可能沒把這些量算進來，因此中間就差了2萬劑缺口。
陳時中強調，「不管爭議怎麼樣，都要讓預約的人都能夠打得到。」指揮中心目前已緊急調了503瓶莫德納，大概1萬劑左右，再加上上一期北市莫德納注射率為90%所以剩餘1萬劑，加起來就有2萬5千劑。陳時中也說，「如果施打率很高 就會不夠，會密切注意各縣市狀況如何，禮拜三會再做一次調配。」再次重申，「務必讓想打的人都要打得到」。
（圖片來源：指揮中心提供）
