基進黨高雄黨部執行長楊佩樺去年選舉期間，認為國民黨立委馬文君阻擋潛艦國造，背後疑與中國有關係，已違反《國家安全法》發展組織罪，去年10月底提出告訴，台北地檢署今(1/31)日以告訴人身分傳喚楊佩樺到案，釐清案情。
楊佩樺在開庭前受訪表示，上次提告時提供的事證是在2023年，中國有請她動員組織的文件，這次開庭則提供更多的資料給檢察官，包括她自2010年當選立委後的1年，馬文君就帶隊前往中國四川省參加台辦舉辦的第一屆統戰夏令營。
她強調，為何會告發馬文君違反國安法協助中國發展組織，主要的原因是她當上立委隔年馬上去中國，接著2011年進入立法院國防外交委員會，直到現在長達12年的時間，這次會期不知會不會爭取進入國防外交委員會。
另外在公開的資料中，自2015、2016、2018、2023，馬文君都有親自過去協助動員，或者派她的辦公室主任到中國擔任隊長，組織台灣的學生一起過去。而四川台辦最主要的一個目的，就是協助國台辦進行對台統戰，因此認為馬文君身為立委不應該沒有這樣子的敏感度。
再者，當馬文君前往中國後，中國的官員在致詞時都會提到促進統一的言詞、言論，如果她不知道，去了一、二次之後也應該知道具有敏感的一個行動，但直到2023年她都還是持續有這樣子的行為，因此會認為她明知還協助發展組織。
楊佩樺當時提告指出，馬文君一直在逃避她的一些相關爭議，甚至在趙天麟事件出現後，還大言不慚的說，希望趙天麟要去接受國安調查，但是卻沒有認知到自己應該要去面對社會大眾以及自己的爭議，她一再的逃避。
楊佩樺說，過去大家都聚焦在她阻擋潛艦國造預算以及洩密的事情，但是把她的紀錄挖出來就會發現，她在阻擋潛艦國造預算過程中，背後是有跡可尋，楊佩樺還拿出一張事件簿大字報解釋：
2012年時馬文君與王惠美動員台灣學生赴中參加統戰夏令營，並親自出席與四川省委書記見面。
2015年，四川官方民族歌舞團來台幫馬文君、王惠美助選。
2016年，馬文君再次動員台灣學生參加統戰夏令營，再次親自出席。2018年台灣學生參加統戰夏令營，由馬文君辦公室主任擔任領隊、並出席致詞。
2019年，馬文君開始大動作刪除國防相關預算。
楊佩樺認為，馬文君阻擋潛艦國造絕對不是只有這麼單純，只是想要台灣的國防不好，背後是跟中國有關係，國安單位必須要主動介入調查，所以今天告發她違反《國安法》第2條協助中國組織發展，我們希望馬文君不要再躲了，應該要立即請辭接受調查並且退選，她做為一個台灣立委不夠資格之外，其實連做一個台灣人都不夠格。
