0403大地震後，餘震相當密集，光是22到23日早上就發生180起，而震央位置從海上轉移到陸地上，逐漸往南移動，震源深度也更淺層。氣象署分析，這些餘震可能是應力轉移所導致，也就是地震後周遭斷層受到應力影響，提前破裂，但規模和發生時間都難以預測。專家認為後續規模五左右的餘震，大約會持續半年，規模三到四的則會持續一年左右，這期間要小心餘震再影響到其他斷層，導致新一波的地震。
女廁一整片門整個垮下來，垃圾桶東倒西歪，校園走廊彷彿成了水濂洞入口，管線破裂水流滿地，0403大地震後花蓮東華大學還沒修復完畢，現在又再被餘震波及，校園內多處毀損。而根據氣象署統計，0403主震過後花蓮大小餘震不斷，氣象署吳健富說：「從昨天17點08分到現在這些地震事件，從位置發生時間，研判他仍然是4月3日規模7.2的餘震序列，那4月3日主震發生以後，主要餘震分布都在北邊，能量釋放以後南邊比較靠近震央。」
0403芮氏規模7.2的大地震，震央位在台灣東部海域上，屬於極淺層地震深度只有15.5公里，後續餘震不斷，但可以發現在前半段時間，大部分的餘震，震央大多落在花蓮近海或東部海域上，但隨著時間推移可以明顯發現，震央位置逐漸變化，除了往陸地移動地震發生位置，也往花蓮南端集中，幾起規模較大的地震深度還小於10公里。
氣象署吳健富說：「主震位置的南邊，相對應力調整過來變高。」而應力到底是什麼東西，在每場地震後應力，就會影響後續餘震發生的頻率，通常地震發生後震動向外擴散，應力開始對附近包括海上、陸地上的斷層，造成影響而應力的增加或減少，就會影響這些斷層破裂的時間，以這次0403大地震來看，應力轉移後可能讓周遭斷層應力增加，因此斷層就提前破裂，導致餘震不斷，至於規模大小就和斷層破裂的長短呈現正相關，斷層破的越長這地震規模就會更大。
台大地質科學系教授胡慶植說：「現在最大問題，是知道斷層會提早破裂，但沒辦法測量應力，因此很難預測斷層累積的能量，後續的規模和時間都難以判斷。」餘震不斷讓民眾心慌，但專家分析規模三到四以上的餘震，恐怕會持續個一年，但在這期間也要小心，餘震繼續影響其他斷層，恐怕又會造成下一波地震。
中研院地球科學研究所特聘研究員馬國鳳說：「可能會影響到其他斷層，會有更大的餘震，花東要小心。」這些地震不只花東居民很有感，台北的居民這兩天，恐怕也是睡得不安穩，明明不住在震央附近，這地震位置也逐漸往南移動，但台北的搖晃依舊相當明顯，也讓大家心驚驚。
回顧1999年重創全台的921地震後，一年內規模大於五的地震有84個，規模大於三的地震超過五千個，圖表更顯示大地震後餘震會密集來襲，而0403大地震是921後25年來，台灣再度面臨芮氏規模超過，恐怕這餘震也會持續一段時間，專家就提醒近期還是別掉以輕心。
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