行政院長陳建仁拍板，中央流行疫情指揮中心將於5月1日正式解編，結束1197天的任務，同時將新冠調整為第四類法定傳染病。指揮官王必勝表示，解編後實名制家用快篩將退場，醫療照護以及救護車維持配戴口罩到5月30日，未來會持續提供公費疫苗、治療藥物，不過民眾接種新冠疫苗，須自行負擔掛號費。
指揮中心自2020年1月20日報請行政院核准成立，並於同年2月27日提升至最高等級、一級開設。指揮中心統計，至今累計共1018萬4764本土個案、境外5萬8407例。死亡部分，本土累計1萬9404例，境外25例。
王必勝表示，5月1日後，防疫應變機制將改由衛福部主政，並成立「COVID-19防治聯繫會報」及專家諮詢小組，每月開會一次，維持跨部門整備應變，以防範新興病毒株威脅。
指揮中心發言人羅一鈞表示，5月1日後，實名制家用快篩將退場，民眾有需求可至藥局超商購買、專責病房取消開設需求。而在防疫工作上仍有四大工作重點會持續，包括持續監測變異株趨勢、每周記者會主動說明及公費新冠疫苗持續供應等，ACIP會做出最新接種建議，目前維持一年一劑。
至於「醫療照護」部分，輕症維持公費提供抗病毒藥物及清冠一號，染疫康復者門診延續，中重症維持公費隔離治療，醫院並維持陪探病管制。
王必勝表示，解編後，新冠疫苗仍持續施打，但醫院端可以收取掛號費。目前盤點，國內尚有逾570萬劑疫苗庫存可供施打，另有Novavax疫苗96萬劑、莫德納次世代疫苗1500萬劑的合約尚待進口，可隨時提供最新的次世代疫苗。
對於指揮中心解編，國民黨立委李德維表示，疫情早已降溫，國民黨曾開過記者會要求指揮中心解編，拖到5月1日才要解編，過程消耗的預算都是人民血汗錢，讓人懷疑民進黨只是繼續保留這個中心，在盤點剩餘資源的利用而已。
至於將來打疫苗要自付掛號費，李德維建議打疫苗可以交給地方的衛生所，讓民眾去衛生所打疫苗，這樣就不用掛號費了。
民眾黨立委賴香伶也說，高齡者、風險高的對象，掛號費應該讓國家支付，以政策誘因處理，不要只想省錢，防疫要靠大家施打疫苗，若設下收費門檻，反而沒有達到目的。
