行政院日前宣布，從10月13日起開始鬆綁邊境管制措施，改採「0+7」免隔離措施，而衛福部明年度防疫預算編列845億元，遭到在野黨質疑比去年編列的還高。衛福部長薛瑞元今（4）日回應，邊境解封不代表疫情結束，大家不要誤以為說邊境解封就是疫情結束，疫情仍可能會持續一段時間，至於預算的部分，明年度沒有編列特別預算，總數減少將近100億元。
衛福部明年度編列防疫公務預算845億元，遭國民黨質疑創史上新高，薛瑞元今天上午出席立法院備詢前受訪表示，今年度有編列特別預算700多億元，再加上公務預算180多億元，加總有900多億元，明年度在沒有編列特別預算下，總預算數減少將近100億元。
薛瑞元也特別提到，雖然從13日開始鬆綁邊境管制措施，但國內疫情還沒有結束，大家不要誤以為邊境解封就是疫情結束，不需要再做任何管制，疫情仍可能會持續一段時間，明年度還是需要防疫預算。
針對衛福部編列預算的部分，行政院長蘇貞昌今天也表示，疫情雖然進入尾聲，但還是沒有過去，我們防疫還是戰戰兢兢，包含疫苗、藥物、防疫人員津貼等等都要編列，明年度沒有特別預算，所以845億都編在年度預算裡，「國民黨自己參與審查預算，應該清清楚楚，不要指鹿為馬，還要扭曲」。
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