擔心細菌感染的時候，通常醫師會開抗生素供民眾服用，但抗生素吃過量、會產生抗藥性的風險，等於有效的藥物、越來越少，而近期抗藥性的問題，不只在吃藥上引發關注，環境部追蹤發現，全台有八間醫院、排放的廢水中，驗出超標抗生素，其中一種更超過3700多倍，如果隨著食物鏈進入人體，恐怕會在不知不覺中，產生更多重的抗藥性。
放流水中檢測出超標的抗生素。環境部經過三年追蹤，發現台南奇美、高雄醫學大學、亞東醫院等8間院所排放的廢水裡，都含有過量抗生素。衛福部疾管署副署長羅一鈞：「其實以目前檢測出的濃度看起來，都還不算是很高，大概還是相對偏低啦，那那個 所以對於環境跟，對於食物鏈的一些威脅，應該還相對沒有那麼嚴重，不過也應該要再設法地，做進一步的管理。」
經過檢測，超標的抗生素，包括環丙沙星、頭孢它啶 氧氟沙星 及磺胺甲噁唑，其中，用來治療關節及腦膜炎症狀的頭孢他啶，被檢測出超標了3718倍。專家警告，這些抗生素恐怕進入食物鏈，影響到人體。公衛專家陳秀熙：「它對於人體最重要的問題是，相關這個疾病的感染，當你再用抗生素的時候，那麼我們通常的抗生素，就不會可以有效地治療病人，治療效果會產生所謂的，多重抗藥性的問題出現。」
因應此次事件，疾管署緊急做出說明。衛福部疾管署副署長羅一鈞：「行政院會另外成立一個跨部會的平台，那用聯合國四方組織，所提出的六大路徑，然後就是找環境部 農業部，還有衛福部等這些相關單位，一起來處理這種跨部會的議題。」
環境部政務次長葉俊宏：「篩選了9項的新興藥物，這一個項目 進行相關的，管理制度的一些規畫，那我們是預計放在我們的，水措管理辦法裡面，會針對一定規模的醫療院所，希望能夠納入定期檢測。」
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