立法院23日三讀通過「紓困3.0」追加預算，在原規劃的2100億元預算中，共減列NCC、經濟部和教育部共5300萬元預算，其餘均未刪減或凍結；2099億4700萬元，全數以舉借債務支應。至於衛福部的52億8千萬元，則有條件放行，須待防治預算用罄後才可動支追加預算。
新冠疫情衝擊經濟，為振興景氣，行政院會7月23日通過「中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算第2次追加預算案」，包含防治和紓困振興經費歲出共編列2100億元。
根據「紓困3.0」的2100億追加預算，可分為383億元防治經費及1717億元紓困振興經費，內容包括經濟部編列1375億4666萬元、衛福部編列373億6111萬元、交通部編列97億8088萬元等等。
9月28日、30日立法院財政、內政、經濟等委員會召開聯席會議初審時，便通過3項減列預算提案，合計減列5300萬元：第1項由立委賴士葆提案，考量國內確診案例未顯著增加，刪減NCC辦理居家隔離等通訊業務費200萬元；第2項是由於台電補助電費辦法浮濫，減列經濟部獎補助經費5000萬元；第3項，立委陳椒華考量教育部對留遊學服務業的紓困撥款執行率偏低，減列相關補貼經費100萬元。
此外，議場內不分藍綠，多位立委質疑，衛福部在「紓困3.0」追加預算中編列的「因應疫情變化辦理相關防治工作」52億8000多萬元，用途及項目不清，形同空白授權。
因此朝野協商通過主決議，要求衛福部必須在「強化邊境檢疫」、「提升疫情監測衛教」、「防疫物資藥品徵用」、「疫苗研發採購」及「獎勵補償金」等5項防治預算用罄後，才能動支此經費，並限定用於前5項範圍內。（駐美代表處確診1人）
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