受到康芮颱風來襲影響，鐵路多處路段受損，北迴線和仁至崇德間尤為嚴重。台鐵公司即時啟動預警系統，並依照安全規範進行預警性停駛。然而，在強風豪雨的影響下，北迴線和仁至崇德區域（K48+600、K56+800）遭受大量土石掩沒，預估需14小時搶修，預計11月2日首班車前可望完成搶通。
其餘受損路段在完成安全檢查後，將陸續恢復行駛，台鐵公司預計11月1日的列車行駛安排如下：
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1. 西部幹線（基隆=潮州=枋寮）：對號列車及區間車均正常行駛。
2. 東部幹線：對號列車方面，台北往花蓮僅行駛至蘇澳新站及羅東站，北迴線蘇澳新至花蓮全線停駛，而花蓮至台東正常行駛。區間車則在台北至花蓮區段行駛至和仁站或和平站，花蓮至台東則正常行駛。
3.南迴線：全線正常行駛。
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4. 支線：六家線及沙崙線正常行駛，平溪線、深澳線、內灣線及集集線將於11月1日中午12時逐步恢復行駛。
台鐵公司提醒旅客，颱風期間列車行駛狀況可能變動，建議民眾出門前可以透過台鐵網站查詢最新資訊。
同時，因應颱風影響，自海上颱風警報發布日起至解除日止，持有上述期間內車票的旅客可於一年內持未使用車票至各車站辦理退票，免收手續費。