農業部漁業署2021年跨部會成立「牡蠣養殖輔導工作團隊」，共同推動國產牡蠣溯源管理，行政院食品安全辦公室也召集衛福部等執行牡蠣專案稽查及進行市售標示作業，自2023年12月起至2025年1月採樣計73件，產地鑑定結果有7件為境外牡蠣，其中已有2件偵結並各處以20萬元及10萬元罰鍰，另5件檢調仍持續偵辦中。
牡蠣是台灣主要的養殖貝類，也是國人最喜愛的海味小吃，近年有不肖業者以進口低價牡蠣混充偽冒國產牟利，為確保國產牡蠣食品安全與保障業者權益，漁業署推動的牡蠣養殖輔導工作團隊涵蓋養殖技術、設備管理、加工安全及市場行銷等4面向，主要執行國產牡蠣溯源管理、產地鑑別技術，提升剖蚵場域衛生保鮮設備、友善工作環境及包裝設備等措施。
根據漁業署統計，中國大陸產牡蠣溯源養殖戶納管涵蓋率從2023年37.5%提升至去年63%；另為擴大溯源輔導體系，於2024年10月16日公告牡蠣販運商納入溯源管理，更完善產業鏈各環節產地標示作業，2025年也更進一步與衛福部合作擴大執行販運商訪視作業，輔導業者作業場域環境衛生及提升產品正確標示，以確保消費者購買到來源清楚的牡蠣產品。
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漁業署強調，為保障牡蠣養殖業者及消費者權益，將持續與衛福部分別就生產端及市售端所管法規及權責，辦理溯源標示與散裝攤商輔導及相關法規修訂事宜；同時加強輔導金門、馬祖等離島縣政府推動牡蠣養殖管理，建立放養量申（查）報及溯源制度，以防止中國大陸牡蠣非法流入臺灣，確保產業秩序與消費者權益，讓國人能夠安心享用新鮮優質且有溯源的國產牡蠣。
漁業署補充，境外牡蠣及國產牡蠣之價差會因為規格、品質、季節供應量價有變動及差異，過往一般價差在每台斤30至40元左右。
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