小琉球沿海珊瑚礁生態系長期遭破壞致嚴重衰退與失能，監察院於10日發布相關調查結果，指出小琉球2021～2023年平均珊瑚礁覆蓋率僅11.9%，為全台最低。小琉球因人為活動頻繁、重觀光而輕生態、總量管制不力等，珊瑚礁復原情況相較台灣其他樣點緩慢。監察院糾正海洋委員會、交通部觀光署、大鵬灣國家風景區管理處及屏東縣政府。
在台灣及離島辦理珊瑚礁體檢16年的自然保育與環境資訊基金會（自然環資）呼籲，相關單位應對小琉球及全國各地觀光與保育政策進行通盤檢討。海委會稱《海洋保育法》今（2024）年中立法後，可公告限制、禁止海洋遊憩休閒活動並設審議會審議；下個階段於漁業資源保護區增強輔導。
人為活動頻繁 小琉球活珊瑚覆蓋率逐年衰退
本案經監察委員范巽綠及林盛豐立案調查，於10日發表報告指，小琉球海域珊瑚多樣性越來越低，呈扁平化趨勢，浮潛與潮間帶踩踏等人為活動，對珊瑚礁產生劇烈衝擊。小琉球沿海珊瑚礁生態系多半已屬衰退或失能，其中人為活動頻繁的沿海遊憩活動密集區，珊瑚覆蓋率更為低落，權責機關須調查評估遊憩承載量，並管制遊客總量。
自然環資（前身為環境資訊協會）自2009年至今進行小琉球珊瑚礁體檢，數據顯示活珊瑚覆蓋率逐年衰退。2016年前，小琉球活珊瑚礁覆蓋率約30～50%，在國際標準屬普通～良好等級；2016年因聖嬰現象導致海水水溫異常升高，引發全球珊瑚大白化，加上強颱莫蘭蒂衝擊，台灣熱門海洋觀光地區如墾丁、綠島、小琉球和澎湖嶼坪，珊瑚覆蓋率亦下降，小琉球珊瑚覆蓋率更跌至僅10～20%。不過，1～3年後其他地區的覆蓋率均有回復，只有小琉球未有明顯回復跡象。
海洋委員會海洋保育署委託國立海洋生物博物館進行調查顯示，2021～2023年小琉球平均珊瑚礁覆蓋率僅為11.9%，為全台最低。
鵬管處長期消極不作為 觀光署監督不力
小琉球遊客量、遊憩行為等規劃、建設及管理，屬大鵬灣國家風景區管理處（鵬管處）業務、交通部觀光署主管。鵬管處2018年曾委託「中華民國戶外遊憩學會」進行該區遊憩承載量評估，指出一天1萬人次以下為舒適、1～1.5萬人次則須採適度的分流措施，1.5萬人次以上應進行較嚴格管控，例如人數與收費限制。但該評估未考量遊客數量對當地生態影響，以及遊客過度集中於濱海景點的現象。
2024年，鵬管處再委託「世界休閒協會台灣分會」進行評估，但研究負責人向監察委員稱，生態承載量的調查須交由海保署負責，故鵬管處最新一次評估仍是以觀光發展為依歸，且尚未完成。
監察委員亦稱，海委會2022年起多次建議鵬管處重新評估及調整該島遊客人數上限，然而鵬管處遲遲未研議處理，致無法擬定經營管理計畫，是「長期消極不作為」——既無法限制交通部航港局交通船航班班次及遊客登島人數，又無法提出人流管制替代方案；觀光署作為上級機關，監督不力。
屏東縣府長期忽視生態惡化狀況 海委會未積極掌握珊瑚礁生態系統變化
此外，屏東縣政府雖於2015年公告劃定小琉球自然人文生態景觀區，包含肚仔坪、杉福、蛤板灣、漁埕尾及龍蝦洞的潮間帶，並於2022年規範人流管制措施，但蛤板灣及龍蝦洞潮間帶未進行人流管制。監察委員批評縣府長期忽視珊瑚礁生態惡化，至2024年始將珊瑚列入該縣「水產動植物繁殖保育區」保育對象。
委員亦稱，海委會本可主動進行環境承載量評估調查，但該會未積極為之，反寄託鵬管處進行調查，任令周遭海域海洋生態及生物多樣性趨於惡化；海委會成立以來，未積極掌握小琉球珊瑚礁生態系統變化情形、加以研訂適切保育措施，至2021及2022年方辦理珊瑚監測計畫及珊瑚移植復育措施，亦有怠失。
再者，海委會雖定有「海域環境分類及海洋環境品質標準」，但珊瑚礁生態系對水體中營養鹽含量變化較為敏感，海委會未據以研擬更嚴謹和適切的規定。小琉球島上雖已設立4座污水處理設施，但污水處理對營養鹽去除效果有限，小琉球多處潮間帶仍有藻類繁生等優養化現象。
自然環資︰應進行觀光政策通盤檢討
自然環資表示，過去區域遊憩承載量估算，忽略大眾運輸、公共設施、自然資源消耗，以及廢棄物處理，呼籲主管機關以「兼顧觀光發展及生態保育」為基準進行評估；為避免過度發展旅宿業並導致惡性競爭，應以當地生態資源永續為最基本條件，連帶考量當地觀光政策制定及土地利用規劃；應將單純享受自然資源的觀光形式，變為負責任的旅遊，如以保育為目的之觀光收費（如登島費）、無痕旅遊等；為避免原為珊瑚礁島的小琉球失去生物多樣性，只剩下藻類、海膽與海龜，應進行觀光政策通盤檢討與規劃。
自然環資同時建議，除管制登島人數，亦需對島上各地點施加管控或限制進入；加強巡查潮間帶及浮潛、潛水等遊客有否把玩生物、破壞棲息地環境，必要時依《漁業法》、《野生動物保護法》開罰；於容許親海的區域，參考綠島設置出入水步道，減少直接踐踏碰觸。
事實上，小琉球亦有許多組織及居民為觀光與環保共榮而努力。自然環資舉例，琉球區漁會自發禁用刺網、當地團體自發進行淨海作業、自主改善旅宿為環保生態旅店、在地社團自主進行環境生態調查、保育概念宣導等，均對環境保育有正向影響。
海委會︰海保法立法後可保育海洋生物 下階段漁業資源保護區增強輔導
海委會回應記者詢問時表示，過去我國沒有《海洋保育法》，海委會只能負責協調統合角色，沒有強制力。該會於2022年成立小琉球海域遊憩與生態保育大平台，協調相關單位強化管理工作，並訂定「台灣海洋遊憩永續管理指引」供主管機關參考運用。海保署於2021～2024年亦持續輔導補助屏東縣府執行生態調查監測及巡守。
《海洋保育法》今（2024）年中順利立法。法規訂定，若為保育該區域海洋生物，中央主管機關可透過公告限制、禁止海洋遊憩休閒活動，依《海保法》設審議會審議，通過後公告實施，改善小琉球生態困境。
海委會強調，海保署有補助民團執行小琉球海洋監測公民科學家計畫及「推動在地夥伴珊瑚棲地保育輔導計畫」；除持續生態調查之外，下一階段會在漁業資源保護區增加輔導強度。