國土計畫法能否如期上路引發討論，地方對於「農業權」與內政部看法不一；媒體報導，內政部和地方因為「農業權」互槓，將使國土畫成為災難。對此，內政部今天(3日)回應，國土計畫法是國家土地利用根本大法，同時要務實面對及解決現行區域計畫法長年未能處理的問題，雲林縣政府及部分立委提案，要將「農地發展權」納入國土計畫法內，但對於何謂「發展權」未能明確定義，及與「農業權」混為一談。
內政部表示，地方政府及民意代表不該用模糊觀念來混淆外界視聽，若農地發展權貿然入法才會引發災難，促使掮客大量低價收購農地，導致農地價格在市場比價下將崩跌；且發展權移出後，土地即永久做為農地使用，反而坐實雲林縣所謂永世為農奴的論述。
內政部表示，雲林縣政府及部分立委提案，要將「農地發展權」納入國土計畫法內；同時主張要推動法定補償制度，到底是要對「農民」還是「農地」給予補貼、補償或「保有農地變更發展權益」等爭點皆刻意混淆並誤導民眾。
內政部進一步指出，農地發展權議題涉及土地價值計算，如何換算交易價值，且何謂「非農業縣市」。另外，農地發展權涉及跨縣市移轉措施，在國內外均無相關案例，若在未與各地方政府妥適溝通，貿然將農地發展權入法，恐使各縣市農地重演公保地容積移轉，導致土地掮客大量低價收購，從中獲取價差利益，因價格競爭導致農民賤價出售農地等情事發生，這絕非農民之福，也不利於農業發展。
針對農1、農2劃設疑義，內政部重申，地方政府得依照全國國土計畫、各縣市國土計畫指導，並依照農地現況條件進行檢討，審議階段會同農業部審視劃設成果合理性。因此，不會因農1、農2的劃設而對農民權益產生影響，也不會因國土計畫上路，兩者變更條件而有所不同。
內政部強調，為落實農民照顧及農地利用權益，國土計畫法及相關子法均已納入，重申在農地發展權論述未明確之前提下，不應貿然入法，避免損害農民權益。