日本農林水產省於 11 月 11 日公告，福岡及熊本的乳牛牧場出現牛結節疹 ( 以下簡稱 LSD ) 陽性案例， 日本鮮乳及鮮奶油等乳品將暫停輸台。但事隔一天，台灣將乳品輸入規定修改為「 90 天以上未發生 LSD 或依 WOAH 規範處理」，意即經巴斯德氏殺菌後的乳品仍可進口。
獸醫學者認為，雖然巴斯德氏殺菌後的牛奶，應不具傳播牛結節疹病毒的能力，不過，WOAH對於乳品、肉品的規範通常較寬鬆，國與國之間的規範、標準則較嚴格，台大動科系教授徐濟泰質疑，若 WOAH 有此規範，防檢署為何一開始沒有納入檢疫規定？選在此時調整規定，明顯是臨時轉彎，「很奇怪」。
防檢署則強調，雖然規範調整，但不代表日本乳品可以馬上來台，日方仍要進行查核程序，並逐批檢附相關證明。
防檢署急轉彎，動物學者：很奇怪
牛結節疹為甲類動物傳染病，防檢署署長邱垂章說明，11 月12 日已調整檢疫規定，從原本的「 90 天以上未發生 LSD 」更改為「 90 天以上未發生 LSD 或依 WOAH 規範處理」，WOAH 規範指的便是巴斯德氏殺菌，現在國人所喝的牛奶絕大多數都經過巴斯德氏殺菌，殺菌後可減少微生物孳生、疾病傳播風險，防檢署便依國際規範調整。
防檢署調整規定的時間點敏感，中華民國乳業協會理事長、台大動科系教授徐濟泰認為，「很奇怪」，防檢署一開始的規定並無加工條件，卻在此時選擇調整，但防疫視同作戰，台灣也飼養乳牛、肉牛，酪農也擔心牛結節疹等疫病的傳播，任何防檢疫規定應有實驗、科學數據佐證，或經專家會議評估，才能進行調整。
對於更改規定的原因，邱垂章解釋，WOAH 針對乳品的檢疫標準有二，分別是時間和加工方式，時間部分為「 90 天以上未發生 LSD 」，加工規範則為乳品須經巴斯德氏殺菌，過去輸入乳品均非 LSD 疫區國，因此台灣採取前者，時間限制的行政程序較簡單，但現在乳品輸入國發生疫情，「那就必須採用另一種方式」。
中華民國酪農協會秘書長吳進隆則表示，台灣酪農屬於生產端，希望防檢署基於台灣酪農產業角度評估，開放是否會影響牛隻的防疫，並給予酪農充足的保障、指導防疫。
不過，11 月 12 日更改規定，並不代表日本鮮奶可以馬上來台。邱垂章表示，11 月 12 日調整規範，後續日本的乳品輸入必須重新檢疫，日方必須在國內進行一系列查核動作，日本乳品輸台時必須逐批檢附相關證明。防檢署副署長徐榮彬也強調，新的規範適用日本全境，自 11 月 12 日起，防檢署還未對日本乳品核發任何檢疫證，目前市面上流通的日本乳品都是過去的庫存。
WOAH規定沒問題，但獸醫學者未受邀決策
對於防檢署決議，中華民國乳業協會常務監事、中興大學獸醫系教授莊士德認為，「規範本身沒有問題」，因為巴斯德氏殺菌至少要加熱到 65℃，病毒、微生物在 55℃以上超過一定時間便會失去活性，現代鮮乳殺菌溫度更高，超過 80 ℃、甚至 100℃ 以上，經高溫滅菌過的牛奶都應不具傳播牛結節疹病毒的能力。
而對於決議、規範更改的時機，莊士德表示，規範調整以及修改時間點，可能有政治、經貿的考量，「我不予置評」，但他並未被徵詢、受邀更改乳品檢疫規範的會議，也不知道政策決議過程。
台大獸醫系名譽教授周晉澄也未受邀與會、政策諮詢。他表示，WOAH的乳品、肉品規範為世界通用，「通常比較寬鬆」，會作為國際談判的基準點，國與國之間的規範則比較嚴格，各國之間若有經貿、民情往來需求，抑或是有疾病等特殊狀況，國與國之間的乳、肉品檢疫規範便會調整。
針對乳品檢疫規範，周晉澄認為，標準作業程序下，病毒傳播的風險會大大降低，但病毒傳播是機率問題，機率很低不代表風險為零，人為、環境等交叉污染的疑慮依然存在，此次針乳品檢疫規範調整，新的標準檢視日本的問題不大，因為日本和台灣的防疫都是做得很嚴謹，但新的規範是針對所有國家，若是防檢疫做法有疑慮的國家想對台輸入乳品，「那就會有風險，要重新思考」。
日本牛肉可照常進口，金門牛肉仍受限
除了乳品外，進口牛肉也未因 LSD 受限。邱垂章表示，人所吃的牛肉為牛的骨骼肌，依 WOAH 規定，骨骼肌為 LSD 安全貿易商品，因此日本牛肉不會受限，且不只是日本牛肉，對於進口牛肉來源國都適用，「日本絕非特例」。
金門縣於今年 8 月底檢出牛結節疹，農業部暫停金門縣牛隻及其生鮮、冷凍、冷藏牛肉輸往臺灣及其他離島，至今仍未解禁。徐濟泰認為，過往台灣防疫非洲豬瘟時，嚴格把關邊境，連熟肉都不可入境，「我 100% 贊同、支持」，但換成了牛肉，防檢署對金門防範嚴密，卻未對進口牛肉比照辦理。
對此，邱垂章回應，金門縣發生牛結節疹的牧場狀況特殊，防檢署採取最高規得到場時發現，該牧場的牛隻並未完全施打 LSD 疫苗，環境中也存在 LSD 病毒，此外，該牧場的牛隻也未施打口蹄疫疫苗，牛隻體內的口蹄疫抗體偏低，之所以暫停金門牛肉輸台，不僅僅是考量 LSD，更是考量到降低口蹄疫傳播風險，「我們也希望重新開放金門牛肉，但前提是防疫要做好」。
台灣的口蹄疫已經拔針、重返非疫區，邱垂章進一步說明，台灣向 WOAH 通報時，僅台澎免施打疫苗，金門則仍要施打疫苗，之所以分開處理，原因在於金門和中國距離非常近，且金門許多肉牛是半放牧的，防疫規格和台灣是完全不同，防檢署才會針對金門採取最高防疫規格。
莊士德則認為，台灣對日本、金門的牛肉管制標準看似不一，但金門和日本的飼養背景完全不同，金門肉牛多是放牧，牛隻要完全落實施打LSD和口蹄疫的疫苗「不容易」，日本原本並非牛結節疹疫區，沒有施打疫苗，此次傳出零星案例，理論上只要地區施打疫苗、嚴密監控，便可避免疫情擴散、案場牛隻也不會再發病，「現行做法，我是可以接受的」。
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