國民黨、民眾黨對產生最強候選人的意見分歧，民眾黨總統參選人柯文哲15日狠酸侯友宜陣營，不僅酸侯「不然讓給你選，你也不會上」；還說侯辦執行長金溥聰看起來沒有打算要合作，提出民主初選只是想展現地方組織實力。金溥聰則回擊稱柯說翻臉就翻臉，但仍呼籲雙方盡快約定第二次會談時間，努力完成整合。
民眾黨指國民黨所提開放式民主初選有三大問題，分別是「代表性不足」、「名冊建置問題」、「準備時間倉促」，直言藍營缺乏在野力量整合誠意，因此要求藍營提出替代方案。
柯文哲表示，民眾黨一開始就表明反對用「下架民進黨」口號，也反對簽認同卡。針對國民黨提出各地設初選投票所，他質疑此範圍相當大，有統計學的取樣偏差，再者投票所要設在哪裡？要有多少人投票？如何核對身分證？執行相當困難。
柯指出，金溥聰作為學者，看過多次初選，卻故意提出一看就知道很難執行的方式，批評出身學界的人會用這種方法，不是離開學校太久，就是別有用心，要國民黨想好再來通知。
金溥聰回應，民主初選在民主國家已行之多年，是訴諸直接民意、能有效找出最強候選人的方式，在野聯盟必須要把可能灌票、可能干擾的因素排除，政治認同卡就是要過濾存心干擾的人，避免綠營灌票。
金指出，全民調有效度、信度的問題，他沒說民調是錯的，只是認為比全民調有疑慮，而距離選舉還有3個月，民調就一定是真的嗎？柯過去也多次親口說過，有很多假民調、策略性民調，甚至說民調可以用買的。
他說，柯陣營原本同意明(17)日進行第二次會議，突然又推翻，雖然大家都很習慣，但不要因為一個主張不同，就推翻所有共識，呼籲柯別「一己之私，度他人之腹」，不要講情緒性的話，雙方應思考結盟整合，而非以淘汰賽的方式看待藍白合。
他強調，希望能繼續坐下來談，努力達成整合，對於民眾黨提出任何會談的時間、地點將全力配合，若大家有心要合作推動政黨輪替，應以包容態度進行磨合、整合，達成共識後攜手合作。
對於金溥聰質疑民調的信度與效度，柯辦發言人陳智菡反批，為何國民黨黨內初選要選擇以民調方式綜合評比，金的邏輯前後矛盾。陳強調在有限時間條件下，民眾黨主張以科學方式解決當下問題，而不是一層一層過濾民意，只留下政治熱衷參與者，難以呈現主流民意。
