雖然房地合一稅已上路近9年，但仍遇到民眾因不清楚稅法規定挨罰，高雄國稅局舉例，王小姐近期賣房，買方還有總價7成價款未給，雙方約定貸款撥款下來後給付，沒想到銀行只願意核貸6成，買方也沒錢支付差額，此時王小姐仍要在移轉登記次日起、30日內申報房地合一稅，未依期限申報，最高可罰3萬元以下罰鍰。
高雄國稅局表示，個人交易2016年元旦以後取得的房屋、土地，就是屬於房地合一稅的課稅範圍，交易所得或損失，不論有無應納稅額，都應在移轉登記的次日起算30日內，自行填寫申報書並繳納稅款，檢附契約書影本及相關成本、費用證明文件，向戶籍所在地稽徵機關辦理申報。
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國稅局指出，實務上常有民眾認為尚未「交屋」，像是只是過戶還沒收到全部款項、低價賣給親友沒賺錢、誤認為代書會幫忙申報及以為實價登錄即已完成申報房地合一稅等原因沒申報，直到國稅局調查後才發現錯過申報期限。
國稅局舉例，王小姐最近出售房屋，尚有總價7成價款未收取，買方約定過戶登記後以貸款給付，沒想到銀行只核貸6成，且買方無法立即支付未核貸的差額房款，王小姐懷疑，還沒收到全部款項，就要申報房地合一稅嗎？
國稅局說明，只要在地政機關完成移轉登記，就要在登記次日起30日內申報，不會因為買方未付清款項，而免除依法申報的義務；這時如有應納稅額，除了補稅外，還要面臨按補徵稅額處3倍以下的罰鍰；而如果是虧損，也要處3,000元以上3萬元以下未盡申報義務的行為罰。
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國稅局提醒，賣房要注意房地合一稅的申報期限，除了紙本申報書外，也可利用「財政部電子申報繳稅服務網」網路申報，連同附件一併上傳，還可線上繳稅，報稅免跑國稅局，非常方便。