衛福部先前公布2023年醫學中心評鑑結果，北區醫學中心由8家再新增加為10家，引發爭議。監察院也對此提出糾正，質疑衛福部並未依照醫院評鑑標準及醫學中心評定的原則，傷害醫院評鑑公信力。民眾黨立委陳昭姿1日在立法院指出，衛福部違反評鑑制度增額升格醫學中心，帶頭破壞分級醫療，另一方面卻又說提升健保點值有困難。卓榮泰回應，這是評鑑小組共同決定的結果，不過衛福部會建立評鑑改革小組，讓評鑑機制更精確，也具更公信力。
依照分級醫療及醫療網制度，一間醫學中心必須涵蓋區域人口約200萬人，不過衛福部辦理112年醫院評鑑時，因不同委員評分標準難以齊一認定為由，增額評定北區醫學中心，對此，監察院認為衛福部辦理醫院評鑑行之有年，卻未依照其評鑑基準及區域醫學中心上限之規定，逕自增額認定醫學中心，傷害醫院評鑑公信力。
陳昭姿1日在立法院中央政府總預算報告中提到，衛福部違反評鑑機制將台北慈濟、雙和醫院、台大新竹分院3家醫院升級為醫學中心，根本帶頭破壞分級醫療制度，陳昭姿認為，從新竹移入人口判斷，台大新竹分院升格合情合理，但北北基隆跟宜蘭近年總人口數下降，卻有10家醫療中心，讓醫療資源過度集中雙北。
陳昭姿批評，衛福部過去推估，新北新增2家醫學中心，醫療費用推估得支出約1億6千萬點(健保點值)，但另外一方面卻跟立院回應健保點值平均1點新台幣0.95元很困難，陳昭姿說：『(原音) 當時衛福部推估，新北增加兩家醫學中心，醫療費用推估，支出約1億6千萬點，對財務健保影響很低，衛福部信口開河，1億6千萬點就這樣撒出去，然後回頭再跟立法院跟醫界說，明年要努力努力讓健保點值提升0.95。』
卓榮泰解釋， 衛福部回應上確實不該用財務去評估，應該是該區域是否有足夠醫療資源，雖然這是醫院評鑑小組的決定，不過也提醒衛福部進行評鑑，務必要回歸醫療網計畫，務必要評估外界的意見。卓榮泰說：『(原音) 我想衛福部這樣的講法，應該要重新思考，考量的應該不是金額支出多少而已，而是增加後，對民眾是不是有好的醫療服務，而且整個醫療水準有沒有提升。』
卓榮泰強調，已成立醫院評鑑改革小組，對於評鑑機制去檢討，也有提高標準等，回歸專業才能建立公信力。
