第12期疫苗接種將開放3款疫苗同時施打，包括BNT第一劑、莫德納與AZ第二劑，預計將施打400多萬劑疫苗，因此指揮中心規劃分流預約、分批施打，第一階段的預約時間為10月18日至20日，施打時程為10月22日至27日；第二階段的預約時段則是10月25日至27日，施打時程是10月28日至11月3日，指揮中心會在預約分流前一日下午2時陸續發送簡訊提醒。
指揮官陳時中13日下午公布，第一階段對象，在BNT第一劑部分，開放30歲(含)以上民眾施打，預約時間為18日上午10時起；AZ第二劑開放對象為7月30日(含)前已接種第一劑的38歲(含)以上民眾，預約時間為19日上午10時起；莫德納則提供為7月16日(含)前已接種第一劑的55歲(含)以上民眾，自19日下午2時起預約，3款疫苗預約截止都到20日中午12時，施打時程則為10月22日至27日。
至於第二階段，在BNT第一劑部分，開放23歲(含)以上民眾施打，屆時等於開放全年齡層都可施打BNT，莫德納第二劑開放7月16日(含)前已接種第一劑的18歲以上民眾，兩者預約時間都是10月25日上午10時至27日中午12時；AZ第二劑則開放7月30日(含)前已接種第一劑的18歲(含)以上民眾，以及7月31日至8月6日(含)已接種第一劑的45歲以上民眾。BNT施打時程為10月28日至31日，莫德納及AZ第二劑則為10月28日至11月4日。
指揮中心表示，該期疫苗種類及提供接種數量多，請民眾依預約分流時段進行預約，預約當日如遇啟動流量管制，也請配合依序排隊耐心等候預約。
指揮中心也提醒，10月1日起也已開始接種流感疫苗，依我國衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)建議，接種流感疫苗應與COVID-19疫苗間隔至少7天，請民眾前往接種COVID-19第二劑疫苗前，應備妥「COVID-19疫苗接種紀錄卡」及健保卡，並於接種前評估時說明過往疫苗接種史，以利醫生評估。
莊梅玉 a-yu 某名醫(不敢顯示名字)說打BNT疫苗人氣下滑，然而一堆要養家餬口的青壯年等著打疫苗，政府是一歲一歲的控制放行預約登記，要打的打不到，高高在上的真是不知民間苦楚，盡說幹話！
2021年10月15日00:06
周泉宏 ⋯⋯所以混打勒！？⋯⋯沒下文啦？？
2021年10月14日12:42
劉喬欣 我連第一劑都還沒打，我1963年次的，到底是怎麼分配的，越想越氣
2021年10月14日04:52
謝瑞玉 請問我今天去打BMT疫苗，要打時，護士有説今打BMT0.3cc対嗎，不是0.5cc嗎
2021年10月14日03:11
DD 我就問 一堆百貨週慶10/21開始
百貨業很多都23以上
ok分流打 但是那個區間是什麼意思
第二階段10/28-31
好不容易等到還要硬擠出時間去打再接著上週慶
工作沒有人不辛苦
但這區間真的滿爛的！
2021年10月13日17:58
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