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日前交通部審查桃園鐵路地下化綜合規畫案時，有一名受邀當審查委員的學者當場表達不認同交通部的鐵道政策並提出請辭，另有一名學者也對交通部處理高鐵延伸屏東案的行政流程提出不滿，對此，交通部長林佳龍今（22）日表示，交通部須承擔規劃全國鐵道路網的責任，國家重大建設不應由少數人否決。
林佳龍表示，少數特定的委員，過去反對前瞻計畫，也反對軌道建設，他認為，過去幾年來，鐵道審查委員會制度過於浮濫，變成少數委員決定國家重大建設，很多鐵道建設原地踏步，這是不對的。
林佳龍表示，交通部必須承擔規劃全國鐵道路網的責任，經由專家學者協助，讓地方有需求的鐵道建設變成可行，而不是本末倒置，由少數人否定鐵道等國家重大建設，林佳龍也舉例，像嘉義、宜蘭和彰化的鐵道立體化，就是交通部主動協助，讓地方的鐵道立體化需求變成可行的案例。
至於鐵道建設審查的行政程序，林佳龍說，交通部在可行性研究、綜合規劃的做法上，仍是依法行政，外界不應扭曲誤解。
林佳龍表示，交通部對於參與鐵道審查的委員意見都會予以尊重，但個人意見不能凌駕整個委員會，整個委員會的決議也不應一個人的意見就被否定。
交通部正研擬修改鐵路立體化審查辦法，打算取消有關地方應負擔經費中的自償率，林佳龍說明，自償率是一般企業投資時計算財務成本的做法，鐵道建設計算的是經濟成本，因為鐵道會帶動所有周邊開發及節省時間，並帶來更安全的交通，這些效益才是真正該去評估。
林佳龍認為，台北、高雄的鐵道建設由中央出資，其他縣市的鐵路立體化卻被自償率綁住，違反交通平權，因鐵道建設是最安全、便捷的綠色交通，政府應照顧所有國人，縮短城鄉差距，交通部現在就是要設法解開枷鎖。
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