蔡仲南離開職棒圈之後轉到基層發展，先後擔任過秀峰高中、普門高中青棒隊投手教練；後來轉往南華大學擔任總教練，今年大專盃率領球隊打進公開級一級四強，短短時間內打造出大專新強權。
南華大學去年在梅花旗全國大學棒球錦標賽拿過亞軍，也有成為中職首輪新秀的校友翁瑋均，以簽約金480萬元的條件加盟Lamigo桃猿隊，有實力在新球季開始搶進一軍名單。
蔡仲南認為業餘球員挑戰職棒，特別是青棒選手第一個是身體強度要夠，他說：「選手本身要準備好，如果沒準備好太快上去一軍只是曇花一現，職棒路不會長遠。職業層級有很多競爭因素，有洋將還有旅外球員回歸，對選手也是另一種考驗，除非真的準備好，不然對球員生涯來說風險很大。」
對於子弟兵翁瑋均在官辦熱身賽中，面對中信兄弟主投6局只失2分表現，蔡仲南說：「其實不會太意外他能夠在職棒舞台上有好表現，他的身材條件很好是可以預期的，身體素質還需要加強，未來一定能更好。」
