普悠瑪事故屆滿半年，司機員尤振仲被記大過並廢止駕駛執照，壓力大，回想當時情況還崩潰大哭，而據通聯紀錄顯示，尤多次向行控中心回報列車沒有動力，調度員卻要求「能跑就跑」，甚至說「保佑可以跑到花蓮」。交通部則回應說，尤本身有三大缺失，包括沒換車、關閉ATP、邊修車與開車，當然得受處分。
根據事發當天通聯記錄顯示，在尤振仲向行控中心回報列車沒有動力、想要換車時，調度員要求他「能跑盡量跑」、「頭城不行停車」、「把速度加起來」，此外，調度員也不斷指導尤振仲排除故障，如「降弓後再啟動」，還要他「探頭到車窗外面，看是哪台車的綠色燈在亮」，調度員甚至說「保佑可以到花蓮」，顯見列車問題極大。
交通部政次王國材昨表示，會處罰尤振仲主要是因他有三大疏失，第一是他在發車前檢查時，透過儀表板發現4個主風泵中故障2個，此時就應要求換車，但他沒有，依然駕駛該列車出發。
第二，尤振仲開到一半，為了提高速率而關掉ATP，也沒有通報行控中心，導致最後一道防線被破壞。第三，他在一邊開車的狀況下，又一邊修車，王國材說，沒有人會這樣做，也因為他分心，導致速度失控，最後超速出軌。
王國材說，尤振仲發現列車故障後，就應「專心地將列車慢慢開到下一站」，而不是進行修理。但他也強調，懲處絕非針對尤振仲，其他與背後的結構問題有關的人員也都有遭到處罰，例如三任前台鐵局長都被記過處分。
對此，尤振仲律師表示，由於全案已進入司法調查程序，不便做評論，將待司法調查。他也說，尤目前仍有創傷壓力，只要回想事故當時景況就會崩潰大哭。
