普悠瑪出現重大行車意外事件後，使得台鐵人力、車輛備援、維修時間等問題一一浮現。為進一步改善，台鐵已研擬二階段調整班次，第一階段預計從12月20日起，停駛5班列車，8班縮短行駛區間，每日將影響468人次。而第二階段將藉由大數據分析，明(108)年5月年度時刻調整列車時，再看是否須擴大減班。
第一階段異動的13班列車中，班次319新營-潮州、330潮州-新左營、722潮州-新左營、3785台南-沙崙、3788沙崙-台南將完全停駛，而班次156屏東-苗栗、181花蓮-潮州、723新左營-枋寮、3105新左營-潮州、3287后里-潮州、3291嘉義-高雄、3294潮州-台南、3296潮州-新左營則是縮短行駛區間。
這次調整的列車，過去搭乘民眾都很有限，像是3785台南-沙崙班次，影響旅客人數僅6人，堪稱為蚊子列車。而縮短行駛區間的大多是深夜才抵達、或大清早發車的班次，例如156屏東-苗栗班次，原本晚間8時42分啟程、深夜12時25分抵達，未來調整只到嘉義，晚間10時29分就不再向前行駛。
台鐵評估，第一階段從12月20日實施後，能讓夜間養護時間，達成七堵-樹林4小時、其餘路段5小時，每天節省3名司機員、3名車長的人力。台鐵也協調公路總局的協助，規畫一系列疏運方案，包括提供公路接駁、轉成區間車、改搭高雄捷運等，整體配套將於11月26日公告。
至於第二階段，台鐵將透過大數據分析，減少利用率低的班次，目標是增加東線運能，同時提升西線便利性，像是加開直達列車、跳蛙式列車等，都是考慮的選項，預計於明年5月調整。
