今年七月，總統府侍衛官吳宗憲在陪同總統蔡英文「自由民主永續之旅」出訪期間利用職務之便進行香菸走私。事發後，蔡英文在記者會上表示此為陋習已久，要徹查此事，總統府先前將該案行為稱之「超買」，引發批評，之後則改口「違法私菸」並道歉。此事讓國安局局長彭勝竹上將引咎辭職，由行政院國軍退除役官兵輔導委員會主任委員邱國正上將接任。對此，前副總統呂秀蓮在臉書發表文章，並砲轟「案發時間點正是總統返抵國內時，真是國之大恥」。
呂秀蓮稍早在臉書發表「探究總統府香菸走私案」一文。她提及，調查局長呂文忠未事先呈報出訪中的蔡總統，是否允當？「回想當年調查局長葉盛茂將艾格蒙洗錢情資呈報陳水扁總統的下場是他被以洩露偵辦案件秘密罪入獄服刑，後來黃世銘檢察長也因將竊聽到王金平與柯建銘的電話內容洩露給馬英九總統而遭判刑，呂文忠局長的作為應可理解」。不過，她認為本案原由新北市調查處會同海關人員在桃園國際機場緝獲菸品，並以現行犯逮捕涉案的國安人員及司機，理應將案件移送犯罪地的桃園地檢署偵辦，但卻移交台北地檢署，因此本案的司法管轄權，不無疑義。
呂秀蓮表示，外界質疑蔡英文對本案「護短」，起因於案發後總統府一直用「超買」香菸來掩飾「集體走私」的罪行，引起公憤，迫使她於案發後一週出面親自道歉。國安局長亦於一週內奉令公布「檢討報告」，指出有76人涉案，其中國安局25人，包括局本部4人、特勤中心19人、訓練中心2人，總統侍衛室49人及憲兵警衛大隊2人。隨後台北地檢署於8月23日公布「首波偵結名單」，包括涉犯貪污治罪條例或違反稅捐稽徵法等罪起訴13人，另以違反稅捐稽徵法緩起訴6人，其中華航4人，偵辦效率超高。然而台北地方法院何時審理，可能遙遙無期。此外，根據檢調偵辦，涉案香菸共9797條，團購大戶是永和警衛室侍衛徐兆峰，他花76萬8540元買1037條香菸，總統貼身女隨扈2人各買100條，而永和警衛室主任林國欽少將也買12條。至於負責團購的行政參謀少校吳宗憲本人只買1條，卻有可能面臨無期徒刑的懲處，因他奉令依慣例承辦訂購作業。
這整起總統府集體走私的弊案到底怎麼回事？呂秀蓮認為，按市售七星菸每條1250元，桃園機場每條賣670元，但機上免稅每條630元，又常以8折優惠，價差甚大，顯見菸稅菸捐對菸民確實負擔很大，本已民怨在心。本案爆發出華航為增加盈收，在承辦總統出訪專案時，對隨團人員放寬每人限購1條規定，甚至不管有無出國，只要訂購即可，此次居然裁示「完全不設限」，方便總統府官員集體走私，並因菸品太多根本未上機，而把它放在桃園華膳空廚的倉庫，直到總統回國前，才移至貨車。財政部關務署竟以華航「擅自移動貨物」，輕處15萬罰鍰了事。其實根據「菸酒管理法」，超額輸入私菸最高可罰1千萬元，更可依「海關緝私條例」嚴懲，但財政部以區區15萬罰鍰為華航開脫，卻落實總統護短止血的質疑。
本案的嚴重性豈止如此？呂秀蓮表示，華航是國營事業，總統府是國家最高行政中樞，國營事業與總統隨身官員，利用總統代表國家出訪時機，長期聯手，集體走私，用來載送走私菸的又是總統府的3輛車，而案發時間點正是總統返抵國內時，真是國之大恥！「本案不只國家之恥，更突顯國安之危」。呂認為，總統府設特勤室與侍衛室及官邸警衛室，意在近身保護國家元首的安全，維護國家機密，尤其隨團出訪者，理應挑選專業及品德素養相當者擔任，但蔡總統任內，其維安隨扈及侍衛武官團隊三不五時傳出違規風紀問題，此次集體走私犯罪更騰笑國際，令人慨謂「一室之不治，何以天下國家為？」
