台灣每年約從11月開始，至隔年的2、3月開始進入流感季節，並在12月中旬進入流感高峰期。因此為預防流感疫情，政府往年均安排民眾於10月中下旬開始施打當年度公費流感疫苗。不過為衛福部先前公布（2019）年度四價流感疫苗施打從11月15日（週五）起才開始分批正式施打，堪稱史上最晚。近期坊間盛傳是因全球流感疫苗缺貨，或是與公費疫苗由三價升級四價有關，且擔憂延後開打可能影響冬季流感防疫。對此，衛福部疾病管制署今（20）日表示，流感疫苗施打時程延後，是與世界衛生組織（WHO）延遲選株有關。
疾管署澄清，今年公費流感疫苗延後至11月15日（週五）開打，是因為世衛組織為了提升預測，今年遲至3月底才公布本年度流感季北半球流感疫苗選株結果，較往年晚了1個月，世衛組織此決定導致全球流感疫苗製造生產及供應時程因此延後，並連帶影響我國公費流感疫苗開打期程延後，但尚未有全球疫苗缺貨情形，也不是三價升級四價造成延後開打。
疾管署指出，目前夏季流感持續，推估將導致冬季流感疫情比往年更延後開始，符合公費接種條件之民眾只要按接種時程儘速完成疫苗接種，即可於農曆春節前後之流感高峰期前獲得足夠保護力，不致於影響冬季流感防疫；也鼓勵未具公費接種資格之民眾，可自費接種一劑流感疫苗，保護自己及家人，提升群體保護力。
疾管署表示，今（2019）年仍將提供600萬劑公費流感疫苗，並全面升級四價（包含H1N1、H3N2、B型山形株、B型維多利亞株），提供更完善的疫苗保護力，民眾健康更有保障。疾管署目前公費流感疫苗規劃分批接種，11月15日起為國小至高中學生及醫事人員；12月8日起為65歲以上長者及學齡前幼兒；109年1月1日起為其他公費對象。
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